You are here

FGI

K. Dukik, Muñoz, J. F. , Jiang, Y. , Feng, P. , Sigler, L. , J Stielow, B. , Freeke, J. , Jamalian, A. , van den Ende, B. Gerrits, McEwen, J. G. , Clay, O. K. , Schwartz, I. S. , Govender, N. P. , Maphanga, T. G. , Cuomo, C. A. , Moreno, L. F. , Kenyon, C. , Borman, A. M. , and de Hoog, S. , Novel taxa of thermally dimorphic systemic pathogens in the Ajellomycetaceae (Onygenales)., Mycoses, vol. 60, no. 5, pp. 296-309, 2017.
R. A. Farrer, Martel, A. , Verbrugghe, E. , Abouelleil, A. , Ducatelle, R. , Longcore, J. E. , James, T. Y. , Pasmans, F. , Fisher, M. C. , and Cuomo, C. A. , Genomic innovations linked to infection strategies across emerging pathogenic chytrid fungi., Nat Commun, vol. 8, p. 14742, 2017.
Y. Chen, Farrer, R. A. , Giamberardino, C. , Sakthikumar, S. , Jones, A. , Yang, T. , Tenor, J. L. , Wagih, O. , Van Wyk, M. , Govender, N. P. , Mitchell, T. G. , Litvintseva, A. P. , Cuomo, C. A. , and Perfect, J. R. , Microevolution of Serial Clinical Isolates of Cryptococcus neoformans var. grubii and C. gattii., MBio, vol. 8, no. 2, 2017.
D. Tamayo, Muñoz, J. F. , Almeida, A. J. , Puerta, J. D. , Restrepo, Á. , Cuomo, C. A. , McEwen, J. G. , and Hernández, O. , Paracoccidioides spp. catalases and their role in antioxidant defense against host defense responses., Fungal Genet Biol, vol. 100, pp. 22-32, 2017.
M. M. Teixeira, Moreno, L. F. , Stielow, B. J. , Muszewska, A. , Hainaut, M. , Gonzaga, L. , Abouelleil, A. , Patané, J. S. L. , Priest, M. , Souza, R. , Young, S. , Ferreira, K. S. , Zeng, Q. , da Cunha, M. M. L. , Gladki, A. , Barker, B. , Vicente, V. A. , de Souza, E. M. , Almeida, S. , Henrissat, B. , Vasconcelos, A. T. R. , Deng, S. , Voglmayr, H. , Moussa, T. A. A. , Gorbushina, A. , Felipe, M. S. S. , Cuomo, C. A. , and G de Hoog, S. , Exploring the genomic diversity of black yeasts and relatives (Chaetothyriales, Ascomycota)., Stud Mycol, vol. 86, pp. 1-28, 2017.
J. Rhodes, Desjardins, C. A. , Sykes, S. M. , Beale, M. A. , Vanhove, M. , Sakthikumar, S. , Chen, Y. , Gujja, S. , Saif, S. , Chowdhary, A. , Lawson, D. John, Ponzio, V. , Colombo, A. Lopes, Meyer, W. , Engelthaler, D. M. , Hagen, F. , Illnait-Zaragozi, M. Teresa, Alanio, A. , Vreulink, J. - M. , Heitman, J. , Perfect, J. R. , Litvintseva, A. , Bicanic, T. , Harrison, T. S. , Fisher, M. C. , and Cuomo, C. A. , Tracing Genetic Exchange and Biogeography of Cryptococcus neoformans var. grubii at the Global Population Level., Genetics, 2017.
C. A. Desjardins, Giamberardino, C. , Sykes, S. M. , Yu, C. - H. , Tenor, J. L. , Chen, Y. , Yang, T. , Jones, A. M. , Sun, S. , Haverkamp, M. R. , Heitman, J. , Litvintseva, A. P. , Perfect, J. R. , and Cuomo, C. A. , Population genomics and the evolution of virulence in the fungal pathogen Cryptococcus neoformans., Genome Res, vol. 27, no. 7, pp. 1207-1219, 2017.
K. J. Kwon-Chung, Bennett, J. E. , Wickes, B. L. , Meyer, W. , Cuomo, C. A. , Wollenburg, K. R. , Bicanic, T. A. , Castañeda, E. , Chang, Y. C. , Chen, J. , Cogliati, M. , Dromer, F. , Ellis, D. , Filler, S. G. , Fisher, M. C. , Harrison, T. S. , Holland, S. M. , Kohno, S. , Kronstad, J. W. , Lazera, M. , Levitz, S. M. , Lionakis, M. S. , May, R. C. , Ngamskulrongroj, P. , Pappas, P. G. , Perfect, J. R. , Rickerts, V. , Sorrell, T. C. , Walsh, T. J. , Williamson, P. R. , Xu, J. , Zelazny, A. M. , and Casadevall, A. , The Case for Adopting the "Species Complex" Nomenclature for the Etiologic Agents of Cryptococcosis., mSphere, vol. 2, no. 1, 2017.
S. R. Lockhart, Etienne, K. A. , Vallabhaneni, S. , Farooqi, J. , Chowdhary, A. , Govender, N. P. , Colombo, A. Lopes, Calvo, B. , Cuomo, C. A. , Desjardins, C. A. , Berkow, E. L. , Castanheira, M. , Magobo, R. E. , Jabeen, K. , Asghar, R. J. , Meis, J. F. , Jackson, B. , Chiller, T. , and Litvintseva, A. P. , Simultaneous Emergence of Multidrug-Resistant Candida auris on 3 Continents Confirmed by Whole-Genome Sequencing and Epidemiological Analyses., Clin Infect Dis, vol. 64, no. 2, pp. 134-140, 2017.
C. A. Cuomo, Bakkeren, G. , Khalil, H. Badr, Panwar, V. , Joly, D. , Linning, R. , Sakthikumar, S. , Song, X. , Adiconis, X. , Fan, L. , Goldberg, J. M. , Levin, J. Z. , Young, S. , Zeng, Q. , Anikster, Y. , Bruce, M. , Wang, M. , Yin, C. , McCallum, B. , Szabo, L. J. , Hulbert, S. , Chen, X. , and Fellers, J. P. , Comparative Analysis Highlights Variable Genome Content of Wheat Rusts and Divergence of the Mating Loci., G3 (Bethesda), vol. 7, no. 2, pp. 361-376, 2017.
L. Issi, Farrer, R. A. , Pastor, K. , Landry, B. , Delorey, T. , Bell, G. W. , Thompson, D. A. , Cuomo, C. A. , and Rao, R. P. , Zinc Cluster Transcription Factors Alter Virulence in Candida albicans., Genetics, vol. 205, no. 2, pp. 559-576, 2017.
J. F. Muñoz, Farrer, R. A. , Desjardins, C. A. , Gallo, J. E. , Sykes, S. , Sakthikumar, S. , Misas, E. , Whiston, E. A. , Bagagli, E. , Soares, C. M. A. , Teixeira, Mde M. , Taylor, J. W. , Clay, O. K. , McEwen, J. G. , and Cuomo, C. A. , Genome Diversity, Recombination, and Virulence across the Major Lineages of Paracoccidioides., mSphere, vol. 1, no. 5, 2016.
M. Z. Anderson, Porman, A. M. , Wang, N. , Mancera, E. , Huang, D. , Cuomo, C. A. , and Bennett, R. J. , A Multistate Toggle Switch Defines Fungal Cell Fates and Is Regulated by Synergistic Genetic Cues., PLoS Genet, vol. 12, no. 10, p. e1006353, 2016.
M. D. Leach, Farrer, R. A. , Tan, K. , Miao, Z. , Walker, L. A. , Cuomo, C. A. , Wheeler, R. T. , Brown, A. J. P. , Wong, K. Ho, and Cowen, L. E. , Hsf1 and Hsp90 orchestrate temperature-dependent global transcriptional remodelling and chromatin architecture in Candida albicans., Nat Commun, vol. 7, p. 11704, 2016.
C. M. Homer, Summers, D. K. , Goranov, A. I. , Clarke, S. C. , Wiesner, D. L. , Diedrich, J. K. , Moresco, J. J. , Toffaletti, D. , Upadhya, R. , Caradonna, I. , Petnic, S. , Pessino, V. , Cuomo, C. A. , Lodge, J. K. , Perfect, J. , Yates, J. R. , Nielsen, K. , Craik, C. S. , and Madhani, H. D. , Intracellular Action of a Secreted Peptide Required for Fungal Virulence., Cell Host Microbe, vol. 19, no. 6, pp. 849-64, 2016.
G. Aguileta, Badouin, H. , Hood, M. E. , Møller, A. P. , Le Prieur, S. , Snirc, A. , Siguenza, S. , Mousseau, T. A. , Shykoff, J. A. , Cuomo, C. A. , and Giraud, T. , Lower prevalence but similar fitness in a parasitic fungus at higher radiation levels near Chernobyl., Mol Ecol, vol. 25, no. 14, pp. 3370-83, 2016.
L. Ma, Chen, Z. , Huang, D. Wei, Kutty, G. , Ishihara, M. , Wang, H. , Abouelleil, A. , Bishop, L. , Davey, E. , Deng, R. , Deng, X. , Fan, L. , Fantoni, G. , Fitzgerald, M. , Gogineni, E. , Goldberg, J. M. , Handley, G. , Hu, X. , Huber, C. , Jiao, X. , Jones, K. , Levin, J. Z. , Liu, Y. , Macdonald, P. , Melnikov, A. , Raley, C. , Sassi, M. , Sherman, B. T. , Song, X. , Sykes, S. , Tran, B. , Walsh, L. , Xia, Y. , Yang, J. , Young, S. , Zeng, Q. , Zheng, X. , Stephens, R. , Nusbaum, C. , Birren, B. W. , Azadi, P. , Lempicki, R. A. , Cuomo, C. A. , and Kovacs, J. A. , Genome analysis of three Pneumocystis species reveals adaptation mechanisms to life exclusively in mammalian hosts., Nat Commun, vol. 7, p. 10740, 2016.
R. A. Farrer, Voelz, K. , Henk, D. A. , Johnston, S. A. , Fisher, M. C. , May, R. C. , and Cuomo, C. A. , Microevolutionary traits and comparative population genomics of the emerging pathogenic fungus Cryptococcus gattii., Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci, vol. 371, no. 1709, 2016.
C. Russ, B Lang, F. , Chen, Z. , Gujja, S. , Shea, T. , Zeng, Q. , Young, S. , Cuomo, C. A. , and Nusbaum, C. , Genome Sequence of Spizellomyces punctatus., Genome Announc, vol. 4, no. 4, 2016.
R. A. Farrer, Desjardins, C. A. , Sakthikumar, S. , Gujja, S. , Saif, S. , Zeng, Q. , Chen, Y. , Voelz, K. , Heitman, J. , May, R. C. , Fisher, M. C. , and Cuomo, C. A. , Genome Evolution and Innovation across the Four Major Lineages of Cryptococcus gattii., MBio, vol. 6, no. 5, pp. e00868-15, 2015.
J. F. Muñoz, Gauthier, G. M. , Desjardins, C. A. , Gallo, J. E. , Holder, J. , Sullivan, T. D. , Marty, A. J. , Carmen, J. C. , Chen, Z. , Ding, L. , Gujja, S. , Magrini, V. , Misas, E. , Mitreva, M. , Priest, M. , Saif, S. , Whiston, E. A. , Young, S. , Zeng, Q. , Goldman, W. E. , Mardis, E. R. , Taylor, J. W. , McEwen, J. G. , Clay, O. K. , Klein, B. S. , and Cuomo, C. A. , The Dynamic Genome and Transcriptome of the Human Fungal Pathogen Blastomyces and Close Relative Emmonsia., PLoS Genet, vol. 11, no. 10, p. e1005493, 2015.
C. A. Desjardins, Sanscrainte, N. D. , Goldberg, J. M. , Heiman, D. , Young, S. , Zeng, Q. , Madhani, H. D. , Becnel, J. J. , and Cuomo, C. A. , Contrasting host-pathogen interactions and genome evolution in two generalist and specialist microsporidian pathogens of mosquitoes., Nat Commun, vol. 6, p. 7121, 2015.
E. Mancera, Porman, A. M. , Cuomo, C. A. , Bennett, R. J. , and Johnson, A. D. , Finding a Missing Gene: EFG1 Regulates Morphogenesis in Candida tropicalis., G3 (Bethesda), vol. 5, no. 5, pp. 849-56, 2015.
M. P. Hirakawa, Martinez, D. A. , Sakthikumar, S. , Anderson, M. Z. , Berlin, A. , Gujja, S. , Zeng, Q. , Zisson, E. , Wang, J. M. , Greenberg, J. M. , Berman, J. , Bennett, R. J. , and Cuomo, C. A. , Genetic and phenotypic intra-species variation in Candida albicans., Genome Res, vol. 25, no. 3, pp. 413-25, 2015.
M. H. Perlin, Amselem, J. , Fontanillas, E. , San Toh, S. , Chen, Z. , Goldberg, J. , Duplessis, S. , Henrissat, B. , Young, S. , Zeng, Q. , Aguileta, G. , Petit, E. , Badouin, H. , Andrews, J. , Razeeq, D. , Gabaldón, T. , Quesneville, H. , Giraud, T. , Hood, M. E. , Schultz, D. J. , and Cuomo, C. A. , Sex and parasites: genomic and transcriptomic analysis of Microbotryum lychnidis-dioicae, the biotrophic and plant-castrating anther smut fungus., BMC Genomics, vol. 16, p. 461, 2015.
C. A. Cuomo, Untereiner, W. A. , Ma, L. - J. , Grabherr, M. , and Birren, B. W. , Draft Genome Sequence of the Cellulolytic Fungus Chaetomium globosum., Genome Announc, vol. 3, no. 1, 2015.
C. B. Ford, Funt, J. M. , Abbey, D. , Issi, L. , Guiducci, C. , Martinez, D. A. , Delorey, T. , Li, B. Yu, White, T. C. , Cuomo, C. , Rao, R. P. , Berman, J. , Thompson, D. A. , and Regev, A. , The evolution of drug resistance in clinical isolates of Candida albicans., Elife, vol. 4, p. e00662, 2015.
E. Fontanillas, Hood, M. E. , Badouin, H. , Petit, E. , Barbe, V. , Gouzy, J. , de Vienne, D. M. , Aguileta, G. , Poulain, J. , Wincker, P. , Chen, Z. , San Toh, S. , Cuomo, C. A. , Perlin, M. H. , Gladieux, P. , and Giraud, T. , Degeneration of the nonrecombining regions in the mating-type chromosomes of the anther-smut fungi., Mol Biol Evol, vol. 32, no. 4, pp. 928-43, 2015.
I. S. Schwartz, Kenyon, C. , Feng, P. , Govender, N. P. , Dukik, K. , Sigler, L. , Jiang, Y. , J Stielow, B. , Muñoz, J. F. , Cuomo, C. A. , Botha, A. , Stchigel, A. M. , and G de Hoog, S. , 50 Years of Emmonsia Disease in Humans: The Dramatic Emergence of a Cluster of Novel Fungal Pathogens., PLoS Pathog, vol. 11, no. 11, p. e1005198, 2015.
C. A. Cuomo, Del Valle, N. Rodriguez-, Perez-Sanchez, L. , Abouelleil, A. , Goldberg, J. , Young, S. , Zeng, Q. , and Birren, B. W. , Genome Sequence of the Pathogenic Fungus Sporothrix schenckii (ATCC 58251)., Genome Announc, vol. 2, no. 3, 2014.
M. A. Bakowski, Desjardins, C. A. , Smelkinson, M. G. , Dunbar, T. L. , Dunbar, T. A. , Lopez-Moyado, I. F. , Rifkin, S. A. , Cuomo, C. A. , and Troemel, E. R. , Ubiquitin-mediated response to microsporidia and virus infection in C. elegans., PLoS Pathog, vol. 10, no. 6, p. e1004200, 2014.
S. Chan Lee, R Billmyre, B. , Li, A. , Carson, S. , Sykes, S. M. , Huh, E. Young, Mieczkowski, P. , Ko, D. C. , Cuomo, C. A. , and Heitman, J. , Analysis of a food-borne fungal pathogen outbreak: virulence and genome of a Mucor circinelloides isolate from yogurt., MBio, vol. 5, no. 4, pp. e01390-14, 2014.
M. Bruce, Neugebauer, K. A. , Joly, D. L. , Migeon, P. , Cuomo, C. A. , Wang, S. , Akhunov, E. , Bakkeren, G. , Kolmer, J. A. , and Fellers, J. P. , Using transcription of six Puccinia triticina races to identify the effective secretome during infection of wheat., Front Plant Sci, vol. 4, p. 520, 2014.
J. F. Muñoz, Gallo, J. E. , Misas, E. , Priest, M. , Imamovic, A. , Young, S. , Zeng, Q. , Clay, O. K. , McEwen, J. G. , and Cuomo, C. A. , Genome update of the dimorphic human pathogenic fungi causing paracoccidioidomycosis., PLoS Negl Trop Dis, vol. 8, no. 12, p. e3348, 2014.
T. C. White, Findley, K. , Dawson, T. L. , Scheynius, A. , Boekhout, T. , Cuomo, C. A. , Xu, J. , and Saunders, C. W. , Fungi on the skin: dermatophytes and Malassezia., Cold Spring Harb Perspect Med, vol. 4, no. 8, 2014.
G. Janbon, Ormerod, K. L. , Paulet, D. , Byrnes, E. J. , Yadav, V. , Chatterjee, G. , Mullapudi, N. , Hon, C. - C. , R Billmyre, B. , Brunel, F. , Bahn, Y. - S. , Chen, W. , Chen, Y. , Chow, E. W. L. , Coppée, J. - Y. , Floyd-Averette, A. , Gaillardin, C. , Gerik, K. J. , Goldberg, J. , Gonzalez-Hilarion, S. , Gujja, S. , Hamlin, J. L. , Hsueh, Y. - P. , Ianiri, G. , Jones, S. , Kodira, C. D. , Kozubowski, L. , Lam, W. , Marra, M. , Mesner, L. D. , Mieczkowski, P. A. , Moyrand, F. , Nielsen, K. , Proux, C. , Rossignol, T. , Schein, J. E. , Sun, S. , Wollschlaeger, C. , Wood, I. A. , Zeng, Q. , Neuvéglise, C. , Newlon, C. S. , Perfect, J. R. , Lodge, J. K. , Idnurm, A. , Stajich, J. E. , Kronstad, J. W. , Sanyal, K. , Heitman, J. , Fraser, J. A. , Cuomo, C. A. , and Dietrich, F. S. , Analysis of the genome and transcriptome of Cryptococcus neoformans var. grubii reveals complex RNA expression and microevolution leading to virulence attenuation., PLoS Genet, vol. 10, no. 4, p. e1004261, 2014.
B. J. Walker, Abeel, T. , Shea, T. , Priest, M. , Abouelliel, A. , Sakthikumar, S. , Cuomo, C. A. , Zeng, Q. , Wortman, J. , Young, S. K. , and Earl, A. M. , Pilon: an integrated tool for comprehensive microbial variant detection and genome assembly improvement., PLoS One, vol. 9, no. 11, p. e112963, 2014.
L. Ma, Huang, D. - W. , Cuomo, C. A. , Sykes, S. , Fantoni, G. , Das, B. , Sherman, B. T. , Yang, J. , Huber, C. , Xia, Y. , Davey, E. , Kutty, G. , Bishop, L. , Sassi, M. , Lempicki, R. A. , and Kovacs, J. A. , Sequencing and characterization of the complete mitochondrial genomes of three Pneumocystis species provide new insights into divergence between human and rodent Pneumocystis., FASEB J, vol. 27, no. 5, pp. 1962-72, 2013.
D. M. Geiser, Aoki, T. , Bacon, C. W. , Baker, S. E. , Bhattacharyya, M. K. , Brandt, M. E. , Brown, D. W. , Burgess, L. W. , Chulze, S. , Coleman, J. J. , Correll, J. C. , Covert, S. F. , Crous, P. W. , Cuomo, C. A. , G de Hoog, S. , Di Pietro, A. , Elmer, W. H. , Epstein, L. , Frandsen, R. J. N. , Freeman, S. , Gagkaeva, T. , Glenn, A. E. , Gordon, T. R. , Gregory, N. F. , Hammond-Kosack, K. E. , Hanson, L. E. , Jímenez-Gasco, M. Del Mar, Kang, S. , H Kistler, C. , Kuldau, G. A. , Leslie, J. F. , Logrieco, A. , Lu, G. , Lysøe, E. , Ma, L. - J. , McCormick, S. P. , Migheli, Q. , Moretti, A. , Munaut, F. , O'donnell, K. , Pfenning, L. , Ploetz, R. C. , Proctor, R. H. , Rehner, S. A. , Robert, V. A. R. G. , Rooney, A. P. , Bin Salleh, B. , Scandiani, M. Mercedes, Scauflaire, J. , Short, D. P. G. , Steenkamp, E. , Suga, H. , Summerell, B. A. , Sutton, D. A. , Thrane, U. , Trail, F. , Van Diepeningen, A. , Vanetten, H. D. , Viljoen, A. , Waalwijk, C. , Ward, T. J. , Wingfield, M. J. , Xu, J. - R. , Yang, X. - B. , Yli-Mattila, T. , and Zhang, N. , One fungus, one name: defining the genus Fusarium in a scientifically robust way that preserves longstanding use., Phytopathology, vol. 103, no. 5, pp. 400-8, 2013.
W. Li, Sullivan, T. D. , Walton, E. , Averette, A. Floyd, Sakthikumar, S. , Cuomo, C. A. , Klein, B. S. , and Heitman, J. , Identification of the mating-type (MAT) locus that controls sexual reproduction of Blastomyces dermatitidis., Eukaryot Cell, vol. 12, no. 1, pp. 109-17, 2013.
E. Petit, Giraud, T. , de Vienne, D. M. , Coelho, M. A. , Aguileta, G. , Amselem, J. , Kreplak, J. , Poulain, J. , Gavory, F. , Wincker, P. , Young, S. K. , Cuomo, C. , Perlin, M. H. , and Hood, M. E. , Linkage to the mating-type locus across the genus Microbotryum: insights into nonrecombining chromosomes., Evolution, vol. 66, no. 11, pp. 3519-33, 2012.
L. M. Schloegel, Toledo, L. Felipe, Longcore, J. E. , Greenspan, S. E. , Vieira, C. Augusto, Lee, M. , Zhao, S. , Wangen, C. , Ferreira, C. Maris, Hipolito, M. , Davies, A. J. , Cuomo, C. A. , Daszak, P. , and James, T. Y. , Novel, panzootic and hybrid genotypes of amphibian chytridiomycosis associated with the bullfrog trade., Mol Ecol, vol. 21, no. 21, pp. 5162-77, 2012.
C. A. Cuomo, Desjardins, C. A. , Bakowski, M. A. , Goldberg, J. , Ma, A. T. , Becnel, J. J. , Didier, E. S. , Fan, L. , Heiman, D. I. , Levin, J. Z. , Young, S. , Zeng, Q. , and Troemel, E. R. , Microsporidian genome analysis reveals evolutionary strategies for obligate intracellular growth., Genome Res, vol. 22, no. 12, pp. 2478-88, 2012.
K. L. Robertson, Mostaghim, A. , Cuomo, C. A. , Soto, C. M. , Lebedev, N. , Bailey, R. F. , and Wang, Z. , Adaptation of the black yeast Wangiella dermatitidis to ionizing radiation: molecular and cellular mechanisms., PLoS One, vol. 7, no. 11, p. e48674, 2012.
D. A. Martinez, Oliver, B. G. , Gräser, Y. , Goldberg, J. M. , Li, W. , Martinez-Rossi, N. M. , Monod, M. , Shelest, E. , Barton, R. C. , Birch, E. , Brakhage, A. A. , Chen, Z. , Gurr, S. J. , Heiman, D. , Heitman, J. , Kosti, I. , Rossi, A. , Saif, S. , Samalova, M. , Saunders, C. W. , Shea, T. , Summerbell, R. C. , Xu, J. , Young, S. , Zeng, Q. , Birren, B. W. , Cuomo, C. A. , and White, T. C. , Comparative genome analysis of Trichophyton rubrum and related dermatophytes reveals candidate genes involved in infection., MBio, vol. 3, no. 5, pp. e00259-12, 2012.
B. J. Haas, Zeng, Q. , Pearson, M. D. , Cuomo, C. A. , and Wortman, J. R. , Approaches to Fungal Genome Annotation., Mycology, vol. 2, no. 3, pp. 118-141, 2011.
C. A. Desjardins, Champion, M. D. , Holder, J. W. , Muszewska, A. , Goldberg, J. , Bailão, A. M. , Brigido, M. Macedo, Ferreira, M. Eliana da, Garcia, A. Maria, Grynberg, M. , Gujja, S. , Heiman, D. I. , Henn, M. R. , Kodira, C. D. , León-Narváez, H. , Longo, L. V. G. , Ma, L. - J. , Malavazi, I. , Matsuo, A. L. , Morais, F. V. , Pereira, M. , Rodríguez-Brito, S. , Sakthikumar, S. , Salem-Izacc, S. M. , Sykes, S. M. , Teixeira, M. Melo, Vallejo, M. C. , Walter, M. Emília Ma, Yandava, C. , Young, S. , Zeng, Q. , Zucker, J. , Felipe, M. Sueli, Goldman, G. H. , Haas, B. J. , McEwen, J. G. , Nino-Vega, G. , Puccia, R. , San-Blas, G. , Soares, C. Maria de A. , Birren, B. W. , and Cuomo, C. A. , Comparative genomic analysis of human fungal pathogens causing paracoccidioidomycosis., PLoS Genet, vol. 7, no. 10, p. e1002345, 2011.
S. Duplessis, Cuomo, C. A. , Lin, Y. - C. , Aerts, A. , Tisserant, E. , Veneault-Fourrey, C. , Joly, D. L. , Hacquard, S. , Amselem, J. , Cantarel, B. L. , Chiu, R. , Coutinho, P. M. , Feau, N. , Field, M. , Frey, P. , Gelhaye, E. , Goldberg, J. , Grabherr, M. G. , Kodira, C. D. , Kohler, A. , Kües, U. , Lindquist, E. A. , Lucas, S. M. , Mago, R. , Mauceli, E. , Morin, E. , Murat, C. , Pangilinan, J. L. , Park, R. , Pearson, M. , Quesneville, H. , Rouhier, N. , Sakthikumar, S. , Salamov, A. A. , Schmutz, J. , Selles, B. , Shapiro, H. , Tanguay, P. , Tuskan, G. A. , Henrissat, B. , Van de Peer, Y. , Rouzé, P. , Ellis, J. G. , Dodds, P. N. , Schein, J. E. , Zhong, S. , Hamelin, R. C. , Grigoriev, I. V. , Szabo, L. J. , and Martin, F. , Obligate biotrophy features unraveled by the genomic analysis of rust fungi., Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 108, no. 22, pp. 9166-71, 2011.
S. J. Klosterman, Subbarao, K. V. , Kang, S. , Veronese, P. , Gold, S. E. , Thomma, B. P. H. J. , Chen, Z. , Henrissat, B. , Lee, Y. - H. , Park, J. , Garcia-Pedrajas, M. D. , Barbara, D. J. , Anchieta, A. , de Jonge, R. , Santhanam, P. , Maruthachalam, K. , Atallah, Z. , Amyotte, S. G. , Paz, Z. , Inderbitzin, P. , Hayes, R. J. , Heiman, D. I. , Young, S. , Zeng, Q. , Engels, R. , Galagan, J. , Cuomo, C. A. , Dobinson, K. F. , and Ma, L. - J. , Comparative genomics yields insights into niche adaptation of plant vascular wilt pathogens., PLoS Pathog, vol. 7, no. 7, p. e1002137, 2011.
J. Amselem, Cuomo, C. A. , van Kan, J. A. L. , Viaud, M. , Benito, E. P. , Couloux, A. , Coutinho, P. M. , de Vries, R. P. , Dyer, P. S. , Fillinger, S. , Fournier, E. , Gout, L. , Hahn, M. , Kohn, L. , Lapalu, N. , Plummer, K. M. , Pradier, J. - M. , Quévillon, E. , Sharon, A. , Simon, A. , Have, Aten, Tudzynski, B. , Tudzynski, P. , Wincker, P. , Andrew, M. , Anthouard, V. , Beever, R. E. , Beffa, R. , Benoit, I. , Bouzid, O. , Brault, B. , Chen, Z. , Choquer, M. , Collémare, J. , Cotton, P. , Danchin, E. G. , Da Silva, C. , Gautier, A. , Giraud, C. , Giraud, T. , Gonzalez, C. , Grossetete, S. , Güldener, U. , Henrissat, B. , Howlett, B. J. , Kodira, C. , Kretschmer, M. , Lappartient, A. , Leroch, M. , Levis, C. , Mauceli, E. , Neuvéglise, C. , Oeser, B. , Pearson, M. , Poulain, J. , Poussereau, N. , Quesneville, H. , Rascle, C. , Schumacher, J. , Segurens, B. , Sexton, A. , Silva, E. , Sirven, C. , Soanes, D. M. , Talbot, N. J. , Templeton, M. , Yandava, C. , Yarden, O. , Zeng, Q. , Rollins, J. A. , Lebrun, M. - H. , and Dickman, M. , Genomic analysis of the necrotrophic fungal pathogens Sclerotinia sclerotiorum and Botrytis cinerea., PLoS Genet, vol. 7, no. 8, p. e1002230, 2011.
C. A. D'Souza, Kronstad, J. W. , Taylor, G. , Warren, R. , Yuen, M. , Hu, G. , Jung, W. H. , Sham, A. , Kidd, S. E. , Tangen, K. , Lee, N. , Zeilmaker, T. , Sawkins, J. , McVicker, G. , Shah, S. , Gnerre, S. , Griggs, A. , Zeng, Q. , Bartlett, K. , Li, W. , Wang, X. , Heitman, J. , Stajich, J. E. , Fraser, J. A. , Meyer, W. , Carter, D. , Schein, J. , Krzywinski, M. , Kwon-Chung, K. J. , Varma, A. , Wang, J. , Brunham, R. , Fyfe, M. , Ouellette, B. F. F. , Siddiqui, A. , Marra, M. , Jones, S. , Holt, R. , Birren, B. W. , Galagan, J. E. , and Cuomo, C. A. , Genome variation in Cryptococcus gattii, an emerging pathogen of immunocompetent hosts., MBio, vol. 2, no. 1, pp. e00342-10, 2011.
L. - J. Ma, H van der Does, C. , Borkovich, K. A. , Coleman, J. J. , Daboussi, M. - J. , Di Pietro, A. , Dufresne, M. , Freitag, M. , Grabherr, M. , Henrissat, B. , Houterman, P. M. , Kang, S. , Shim, W. - B. , Woloshuk, C. , Xie, X. , Xu, J. - R. , Antoniw, J. , Baker, S. E. , Bluhm, B. H. , Breakspear, A. , Brown, D. W. , Butchko, R. A. E. , Chapman, S. , Coulson, R. , Coutinho, P. M. , Danchin, E. G. J. , Diener, A. , Gale, L. R. , Gardiner, D. M. , Goff, S. , Hammond-Kosack, K. E. , Hilburn, K. , Hua-Van, A. , Jonkers, W. , Kazan, K. , Kodira, C. D. , Koehrsen, M. , Kumar, L. , Lee, Y. - H. , Li, L. , Manners, J. M. , Miranda-Saavedra, D. , Mukherjee, M. , Park, G. , Park, J. , Park, S. - Y. , Proctor, R. H. , Regev, A. , M Ruiz-Roldan, C. , Sain, D. , Sakthikumar, S. , Sykes, S. , Schwartz, D. C. , B Turgeon, G. , Wapinski, I. , Yoder, O. , Young, S. , Zeng, Q. , Zhou, S. , Galagan, J. , Cuomo, C. A. , H Kistler, C. , and Rep, M. , Comparative genomics reveals mobile pathogenicity chromosomes in Fusarium., Nature, vol. 464, no. 7287, pp. 367-73, 2010.
G. M. Gauthier, Sullivan, T. D. , Gallardo, S. S. , T Brandhorst, T. , Wymelenberg, A. J. Vanden, Cuomo, C. A. , Suen, G. , Currie, C. R. , and Klein, B. S. , SREB, a GATA transcription factor that directs disparate fates in Blastomyces dermatitidis including morphogenesis and siderophore biosynthesis., PLoS Pathog, vol. 6, no. 4, p. e1000846, 2010.
G. Butler, Rasmussen, M. D. , Lin, M. F. , Santos, M. A. S. , Sakthikumar, S. , Munro, C. A. , Rheinbay, E. , Grabherr, M. , Forche, A. , Reedy, J. L. , Agrafioti, I. , Arnaud, M. B. , Bates, S. , Brown, A. J. P. , Brunke, S. , Costanzo, M. C. , Fitzpatrick, D. A. , de Groot, P. W. J. , Harris, D. , Hoyer, L. L. , Hube, B. , Klis, F. M. , Kodira, C. , Lennard, N. , Logue, M. E. , Martin, R. , Neiman, A. M. , Nikolaou, E. , Quail, M. A. , Quinn, J. , Santos, M. C. , Schmitzberger, F. F. , Sherlock, G. , Shah, P. , Silverstein, K. A. T. , Skrzypek, M. S. , Soll, D. , Staggs, R. , Stansfield, I. , Stumpf, M. P. H. , Sudbery, P. E. , Srikantha, T. , Zeng, Q. , Berman, J. , Berriman, M. , Heitman, J. , Gow, N. A. R. , Lorenz, M. C. , Birren, B. W. , Kellis, M. , and Cuomo, C. A. , Evolution of pathogenicity and sexual reproduction in eight Candida genomes., Nature, vol. 459, no. 7247, pp. 657-62, 2009.
L. - J. Ma, Ibrahim, A. S. , Skory, C. , Grabherr, M. G. , Burger, G. , Butler, M. , Elias, M. , Idnurm, A. , B Lang, F. , Sone, T. , Abe, A. , Calvo, S. E. , Corrochano, L. M. , Engels, R. , Fu, J. , Hansberg, W. , Kim, J. - M. , Kodira, C. D. , Koehrsen, M. J. , Liu, B. , Miranda-Saavedra, D. , O'Leary, S. , Ortiz-Castellanos, L. , Poulter, R. , Rodriguez-Romero, J. , Ruiz-Herrera, J. , Shen, Y. - Q. , Zeng, Q. , Galagan, J. , Birren, B. W. , Cuomo, C. A. , and Wickes, B. L. , Genomic analysis of the basal lineage fungus Rhizopus oryzae reveals a whole-genome duplication., PLoS Genet, vol. 5, no. 7, p. e1000549, 2009.
C. A. Cuomo, Güldener, U. , Xu, J. - R. , Trail, F. , B Turgeon, G. , Di Pietro, A. , Walton, J. D. , Ma, L. - J. , Baker, S. E. , Rep, M. , Adam, G. , Antoniw, J. , Baldwin, T. , Calvo, S. , Chang, Y. - L. , DeCaprio, D. , Gale, L. R. , Gnerre, S. , Goswami, R. S. , Hammond-Kosack, K. , Harris, L. J. , Hilburn, K. , Kennell, J. C. , Kroken, S. , Magnuson, J. K. , Mannhaupt, G. , Mauceli, E. , Mewes, H. - W. , Mitterbauer, R. , Muehlbauer, G. , Münsterkötter, M. , Nelson, D. , O'donnell, K. , Ouellet, T. , Qi, W. , Quesneville, H. , M Roncero, I. G. , Seong, K. - Y. , Tetko, I. V. , Urban, M. , Waalwijk, C. , Ward, T. J. , Yao, J. , Birren, B. W. , and H Kistler, C. , The Fusarium graminearum genome reveals a link between localized polymorphism and pathogen specialization., Science, vol. 317, no. 5843, pp. 1400-2, 2007.
J. E. Galagan, Calvo, S. E. , Cuomo, C. , Ma, L. - J. , Wortman, J. R. , Batzoglou, S. , Lee, S. - I. , Baştürkmen, M. , Spevak, C. C. , Clutterbuck, J. , Kapitonov, V. , Jurka, J. , Scazzocchio, C. , Farman, M. , Butler, J. , Purcell, S. , Harris, S. , Braus, G. H. , Draht, O. , Busch, S. , D'Enfert, C. , Bouchier, C. , Goldman, G. H. , Bell-Pedersen, D. , Griffiths-Jones, S. , Doonan, J. H. , Yu, J. , Vienken, K. , Pain, A. , Freitag, M. , Selker, E. U. , Archer, D. B. , Peñalva, M. A. , Oakley, B. R. , Momany, M. , Tanaka, T. , Kumagai, T. , Asai, K. , Machida, M. , Nierman, W. C. , Denning, D. W. , Caddick, M. , Hynes, M. , Paoletti, M. , Fischer, R. , Miller, B. , Dyer, P. , Sachs, M. S. , Osmani, S. A. , and Birren, B. W. , Sequencing of Aspergillus nidulans and comparative analysis with A. fumigatus and A. oryzae., Nature, vol. 438, no. 7071, pp. 1105-15, 2005.