You are here

Bacterial Genomics Group

A. L. Manson, Abeel, T. , Galagan, J. , Sundaramurthi, J. Chandrabos, Shanmugam, S. Kumar, Palaniyandi, K. , Narayanan, S. , Swaminathan, S. , and Earl, A. M. , Reply to Lee and Howden., Clin Infect Dis, 2017.
J. R. Duvall, Bedard, L. , Naylor-Olsen, A. M. , Manson, A. L. , Bittker, J. A. , Sun, W. , Fitzgerald, M. E. , He, Z. , Lee, M. D. , Marie, J. - C. , Muncipinto, G. , Rush, D. , Xu, D. , Xu, H. , Zhang, M. , Earl, A. M. , Palmer, M. A. , Foley, M. A. , Vacca, J. P. , and Scherer, C. A. , Identification of Highly Specific Diversity-Oriented Synthesis-Derived Inhibitors of Clostridium difficile., ACS Infect Dis, vol. 3, no. 5, pp. 349-359, 2017.
H. L. Schreiber, Conover, M. S. , Chou, W. - C. , Hibbing, M. E. , Manson, A. L. , Dodson, K. W. , Hannan, T. J. , Roberts, P. L. , Stapleton, A. E. , Hooton, T. M. , Livny, J. , Earl, A. M. , and Hultgren, S. J. , Bacterial virulence phenotypes of Escherichia coli and host susceptibility determine risk for urinary tract infections., Sci Transl Med, vol. 9, no. 382, 2017.
A. L. Manson, Cohen, K. A. , Abeel, T. , Desjardins, C. A. , Armstrong, D. T. , Barry, C. E. , Brand, J. , Chapman, S. B. , Cho, S. - N. , Gabrielian, A. , Gomez, J. , Jodals, A. M. , Joloba, M. , Jureen, P. , Lee, J. Seok, Malinga, L. , Maiga, M. , Nordenberg, D. , Noroc, E. , Romancenco, E. , Salazar, A. , Ssengooba, W. , Velayati, A. A. , Winglee, K. , Zalutskaya, A. , Via, L. E. , Cassell, G. H. , Dorman, S. E. , Ellner, J. , Farnia, P. , Galagan, J. E. , Rosenthal, A. , Crudu, V. , Homorodean, D. , Hsueh, P. - R. , Narayanan, S. , Pym, A. S. , Skrahina, A. , Swaminathan, S. , Van der Walt, M. , Alland, D. , Bishai, W. R. , Cohen, T. , Hoffner, S. , Birren, B. W. , and Earl, A. M. , Genomic analysis of globally diverse Mycobacterium tuberculosis strains provides insights into the emergence and spread of multidrug resistance., Nat Genet, vol. 49, no. 3, pp. 395-402, 2017.
K. R. Wollenberg, Desjardins, C. A. , Zalutskaya, A. , Slodovnikova, V. , Oler, A. J. , Quiñones, M. , Abeel, T. , Chapman, S. B. , Tartakovsky, M. , Gabrielian, A. , Hoffner, S. , Skrahin, A. , Birren, B. W. , Rosenthal, A. , Skrahina, A. , and Earl, A. M. , Whole-Genome Sequencing of Mycobacterium tuberculosis Provides Insight into the Evolution and Genetic Composition of Drug-Resistant Tuberculosis in Belarus., J Clin Microbiol, vol. 55, no. 2, pp. 457-469, 2017.
G. C. Cerqueira, Earl, A. M. , Ernst, C. M. , Grad, Y. H. , Dekker, J. P. , Feldgarden, M. , Chapman, S. B. , Reis-Cunha, J. L. , Shea, T. P. , Young, S. , Zeng, Q. , Delaney, M. L. , Kim, D. , Peterson, E. M. , O'Brien, T. F. , Ferraro, M. Jane, Hooper, D. C. , Huang, S. S. , Kirby, J. E. , Onderdonk, A. B. , Birren, B. W. , Hung, D. T. , Cosimi, L. A. , Wortman, J. R. , Murphy, C. I. , and Hanage, W. P. , Multi-institute analysis of carbapenem resistance reveals remarkable diversity, unexplained mechanisms, and limited clonal outbreaks., Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 114, no. 5, pp. 1135-1140, 2017.
D. Zhang, Gomez, J. E. , Chien, J. - Y. , Haseley, N. , Desjardins, C. A. , Earl, A. M. , Hsueh, P. - R. , and Hung, D. T. , Genomic Analysis of the Evolution of Fluoroquinolone Resistance in Mycobacterium tuberculosis Prior to Tuberculosis Diagnosis., Antimicrob Agents Chemother, vol. 60, no. 11, pp. 6600-6608, 2016.
J. Abed, Emgård, J. E. M. , Zamir, G. , Faroja, M. , Almogy, G. , Grenov, A. , Sol, A. , Naor, R. , Pikarsky, E. , Atlan, K. A. , Mellul, A. , Chaushu, S. , Manson, A. L. , Earl, A. M. , Ou, N. , Brennan, C. A. , Garrett, W. S. , and Bachrach, G. , Fap2 Mediates Fusobacterium nucleatum Colorectal Adenocarcinoma Enrichment by Binding to Tumor-Expressed Gal-GalNAc., Cell Host Microbe, vol. 20, no. 2, pp. 215-25, 2016.
S. Schmidt Grant, Wellington, S. , Kawate, T. , Desjardins, C. A. , Silvis, M. R. , Wivagg, C. , Thompson, M. , Gordon, K. , Kazyanskaya, E. , Nietupski, R. , Haseley, N. , Iwase, N. , Earl, A. M. , Fitzgerald, M. , and Hung, D. T. , Baeyer-Villiger Monooxygenases EthA and MymA Are Required for Activation of Replicating and Non-replicating Mycobacterium tuberculosis Inhibitors., Cell Chem Biol, vol. 23, no. 6, pp. 666-77, 2016.
C. A. Desjardins, Cohen, K. A. , Munsamy, V. , Abeel, T. , Maharaj, K. , Walker, B. J. , Shea, T. P. , Almeida, D. V. , Manson, A. L. , Salazar, A. , Padayatchi, N. , O'Donnell, M. R. , Mlisana, K. P. , Wortman, J. , Birren, B. W. , Grosset, J. , Earl, A. M. , and Pym, A. S. , Genomic and functional analyses of Mycobacterium tuberculosis strains implicate ald in D-cycloserine resistance., Nat Genet, vol. 48, no. 5, pp. 544-51, 2016.
L. A. Malinga, Abeel, T. , Desjardins, C. A. , Dlamini, T. C. , Cassell, G. , Chapman, S. B. , Birren, B. W. , Earl, A. M. , and Van der Walt, M. , Draft Genome Sequences of Two Extensively Drug-Resistant Strains of Mycobacterium tuberculosis Belonging to the Euro-American S Lineage., Genome Announc, vol. 4, no. 2, 2016.
A. Akbar Velayati, Abeel, T. , Shea, T. , Zhavnerko, G. Konstantin, Birren, B. , Cassell, G. H. , Earl, A. M. , Hoffner, S. , and Farnia, P. , Populations of latent Mycobacterium tuberculosis lack a cell wall: Isolation, visualization, and whole-genome characterization., Int J Mycobacteriol, vol. 5, no. 1, pp. 66-73, 2016.
K. Winglee, McGuire, A. Manson, Maiga, M. , Abeel, T. , Shea, T. , Desjardins, C. A. , Diarra, B. , Baya, B. , Sanogo, M. , Diallo, S. , Earl, A. M. , and Bishai, W. R. , Whole Genome Sequencing of Mycobacterium africanum Strains from Mali Provides Insights into the Mechanisms of Geographic Restriction., PLoS Negl Trop Dis, vol. 10, no. 1, p. e0004332, 2016.
K. A. Cohen, Abeel, T. , McGuire, A. Manson, Desjardins, C. A. , Munsamy, V. , Shea, T. P. , Walker, B. J. , Bantubani, N. , Almeida, D. V. , Alvarado, L. , Chapman, S. B. , Mvelase, N. R. , Duffy, E. Y. , FitzGerald, M. G. , Govender, P. , Gujja, S. , Hamilton, S. , Howarth, C. , Larimer, J. D. , Maharaj, K. , Pearson, M. D. , Priest, M. E. , Zeng, Q. , Padayatchi, N. , Grosset, J. , Young, S. K. , Wortman, J. , Mlisana, K. P. , O'Donnell, M. R. , Birren, B. W. , Bishai, W. R. , Pym, A. S. , and Earl, A. M. , Evolution of Extensively Drug-Resistant Tuberculosis over Four Decades: Whole Genome Sequencing and Dating Analysis of Mycobacterium tuberculosis Isolates from KwaZulu-Natal., PLoS Med, vol. 12, no. 9, p. e1001880, 2015.
E. Sefik, Geva-Zatorsky, N. , Oh, S. , Konnikova, L. , Zemmour, D. , McGuire, A. Manson, Burzyn, D. , Ortiz-Lopez, A. , Lobera, M. , Yang, J. , Ghosh, S. , Earl, A. , Snapper, S. B. , Jupp, R. , Kasper, D. , Mathis, D. , and Benoist, C. , MUCOSAL IMMUNOLOGY. Individual intestinal symbionts induce a distinct population of RORγ⁺ regulatory T cells., Science, vol. 349, no. 6251, pp. 993-7, 2015.
M. O Williams, Abeel, T. , Casali, N. , Cohen, K. , Pym, A. S. , Mungall, S. B. , Desjardins, C. A. , Banerjee, A. , Drobniewski, F. , Earl, A. M. , and Cooke, G. S. , Fatal nosocomial MDR TB identified through routine genetic analysis and whole-genome sequencing., Emerg Infect Dis, vol. 21, no. 6, pp. 1082-4, 2015.
M. D. Valentino, McGuire, A. Manson, Rosch, J. W. , Bispo, P. J. M. , Burnham, C. , Sanfilippo, C. M. , Carter, R. A. , Zegans, M. E. , Beall, B. , Earl, A. M. , Tuomanen, E. I. , Morris, T. W. , Haas, W. , and Gilmore, M. S. , Unencapsulated Streptococcus pneumoniae from conjunctivitis encode variant traits and belong to a distinct phylogenetic cluster., Nat Commun, vol. 5, p. 5411, 2014.
A. Manson McGuire, Cochrane, K. , Griggs, A. D. , Haas, B. J. , Abeel, T. , Zeng, Q. , Nice, J. B. , MacDonald, H. , Birren, B. W. , Berger, B. W. , Allen-Vercoe, E. , and Earl, A. M. , Evolution of invasion in a diverse set of Fusobacterium species., MBio, vol. 5, no. 6, p. e01864, 2014.
M. V. Sizova, Muller, P. A. , Stancyk, D. , Panikov, N. S. , Mandalakis, M. , Hazen, A. , Hohmann, T. , Doerfert, S. N. , Fowle, W. , Earl, A. M. , Nelson, K. E. , and Epstein, S. S. , Oribacterium parvum sp. nov. and Oribacterium asaccharolyticum sp. nov., obligately anaerobic bacteria from the human oral cavity, and emended description of the genus Oribacterium., Int J Syst Evol Microbiol, vol. 64, no. Pt 8, pp. 2642-9, 2014.
M. J. Coyne, Zitomersky, N. Levy, McGuire, A. Manson, Earl, A. M. , and Comstock, L. E. , Evidence of extensive DNA transfer between bacteroidales species within the human gut., MBio, vol. 5, no. 3, pp. e01305-14, 2014.
E. A. Franzosa, Morgan, X. C. , Segata, N. , Waldron, L. , Reyes, J. , Earl, A. M. , Giannoukos, G. , Boylan, M. R. , Ciulla, D. , Gevers, D. , Izard, J. , Garrett, W. S. , Chan, A. T. , and Huttenhower, C. , Relating the metatranscriptome and metagenome of the human gut., Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 111, no. 22, pp. E2329-38, 2014.
B. J. Walker, Abeel, T. , Shea, T. , Priest, M. , Abouelliel, A. , Sakthikumar, S. , Cuomo, C. A. , Zeng, Q. , Wortman, J. , Young, S. K. , and Earl, A. M. , Pilon: an integrated tool for comprehensive microbial variant detection and genome assembly improvement., PLoS One, vol. 9, no. 11, p. e112963, 2014.
F. Lebreton, van Schaik, W. , McGuire, A. Manson, Godfrey, P. , Griggs, A. , Mazumdar, V. , Corander, J. , Cheng, L. , Saif, S. , Young, S. , Zeng, Q. , Wortman, J. , Birren, B. , Willems, R. J. L. , Earl, A. M. , and Gilmore, M. S. , Emergence of epidemic multidrug-resistant Enterococcus faecium from animal and commensal strains., MBio, vol. 4, no. 4, 2013.
A. A. Fodor, DeSantis, T. Z. , Wylie, K. M. , Badger, J. H. , Ye, Y. , Hepburn, T. , Hu, P. , Sodergren, E. , Liolios, K. , Huot-Creasy, H. , Birren, B. W. , and Earl, A. M. , The "most wanted" taxa from the human microbiome for whole genome sequencing., PLoS One, vol. 7, no. 7, p. e41294, 2012.
A. Y. Peleg, de Breij, A. , Adams, M. D. , Cerqueira, G. M. , Mocali, S. , Galardini, M. , Nibbering, P. H. , Earl, A. M. , Ward, D. V. , Paterson, D. L. , Seifert, H. , and Dijkshoorn, L. , The success of acinetobacter species; genetic, metabolic and virulence attributes., PLoS One, vol. 7, no. 10, p. e46984, 2012.
K. L. Palmer, Godfrey, P. , Griggs, A. , Kos, V. N. , Zucker, J. , Desjardins, C. , Cerqueira, G. , Gevers, D. , Walker, S. , Wortman, J. , Feldgarden, M. , Haas, B. , Birren, B. , and Gilmore, M. S. , Comparative genomics of enterococci: variation in Enterococcus faecalis, clade structure in E. faecium, and defining characteristics of E. gallinarum and E. casseliflavus., MBio, vol. 3, no. 1, pp. e00318-11, 2012.
G. Giannoukos, Ciulla, D. M. , Huang, K. , Haas, B. J. , Izard, J. , Levin, J. Z. , Livny, J. , Earl, A. M. , Gevers, D. , Ward, D. V. , Nusbaum, C. , Birren, B. W. , and Gnirke, A. , Efficient and robust RNA-seq process for cultured bacteria and complex community transcriptomes., Genome Biol, vol. 13, no. 3, p. R23, 2012.
A. M. Earl, Desjardins, C. A. , FitzGerald, M. G. , Arachchi, H. M. , Zeng, Q. , Mehta, T. , Griggs, A. , Birren, B. W. , Toney, N. C. , Carr, J. , Posey, J. , and W Butler, R. , High quality draft genome sequence of Segniliparus rugosus CDC 945(T)= (ATCC BAA-974(T))., Stand Genomic Sci, vol. 5, no. 3, pp. 389-97, 2011.
K. E. Nelson, Weinstock, G. M. , Highlander, S. K. , Worley, K. C. , Creasy, H. Huot, Wortman, J. Russo, Rusch, D. B. , Mitreva, M. , Sodergren, E. , Chinwalla, A. T. , Feldgarden, M. , Gevers, D. , Haas, B. J. , Madupu, R. , Ward, D. V. , Birren, B. W. , Gibbs, R. A. , Methé, B. , Petrosino, J. F. , Strausberg, R. L. , Sutton, G. G. , White, O. R. , Wilson, R. K. , Durkin, S. , Giglio, M. Gwinn, Gujja, S. , Howarth, C. , Kodira, C. D. , Kyrpides, N. , Mehta, T. , Muzny, D. M. , Pearson, M. , Pepin, K. , Pati, A. , Qin, X. , Yandava, C. , Zeng, Q. , Zhang, L. , Berlin, A. M. , Chen, L. , Hepburn, T. A. , Johnson, J. , McCorrison, J. , Miller, J. , Minx, P. , Nusbaum, C. , Russ, C. , Sykes, S. M. , Tomlinson, C. M. , Young, S. , Warren, W. C. , Badger, J. , Crabtree, J. , Markowitz, V. M. , Orvis, J. , Cree, A. , Ferriera, S. , Fulton, L. L. , Fulton, R. S. , Gillis, M. , Hemphill, L. D. , Joshi, V. , Kovar, C. , Torralba, M. , Wetterstrand, K. A. , Abouellleil, A. , Wollam, A. M. , Buhay, C. J. , Ding, Y. , Dugan, S. , FitzGerald, M. G. , Holder, M. , Hostetler, J. , Clifton, S. W. , Allen-Vercoe, E. , Earl, A. M. , Farmer, C. N. , Liolios, K. , Surette, M. G. , Xu, Q. , Pohl, C. , Wilczek-Boney, K. , and Zhu, D. , A catalog of reference genomes from the human microbiome., Science, vol. 328, no. 5981, pp. 994-9, 2010.