You are here

GSCID

J. Rhodes, Desjardins, C. A. , Sykes, S. M. , Beale, M. A. , Vanhove, M. , Sakthikumar, S. , Chen, Y. , Gujja, S. , Saif, S. , Chowdhary, A. , Lawson, D. John, Ponzio, V. , Colombo, A. Lopes, Meyer, W. , Engelthaler, D. M. , Hagen, F. , Illnait-Zaragozi, M. Teresa, Alanio, A. , Vreulink, J. - M. , Heitman, J. , Perfect, J. R. , Litvintseva, A. , Bicanic, T. , Harrison, T. S. , Fisher, M. C. , and Cuomo, C. A. , Tracing Genetic Exchange and Biogeography of Cryptococcus neoformans var. grubii at the Global Population Level., Genetics, 2017.
C. A. Desjardins, Giamberardino, C. , Sykes, S. M. , Yu, C. - H. , Tenor, J. L. , Chen, Y. , Yang, T. , Jones, A. M. , Sun, S. , Haverkamp, M. R. , Heitman, J. , Litvintseva, A. P. , Perfect, J. R. , and Cuomo, C. A. , Population genomics and the evolution of virulence in the fungal pathogen., Genome Res, vol. 27, no. 7, pp. 1207-1219, 2017.
A. L. Manson, Abeel, T. , Galagan, J. E. , Sundaramurthi, J. Chandrabos, Salazar, A. , Gehrmann, T. , Shanmugam, S. Kumar, Palaniyandi, K. , Narayanan, S. , Swaminathan, S. , and Earl, A. M. , Mycobacterium tuberculosis Whole Genome Sequences From Southern India Suggest Novel Resistance Mechanisms and the Need for Region-Specific Diagnostics., Clin Infect Dis, vol. 64, no. 11, pp. 1494-1501, 2017.
F. Lebreton, Manson, A. L. , Saavedra, J. T. , Straub, T. J. , Earl, A. M. , and Gilmore, M. S. , Tracing the Enterococci from Paleozoic Origins to the Hospital., Cell, vol. 169, no. 5, pp. 849-861.e13, 2017.
J. R. Duvall, Bedard, L. , Naylor-Olsen, A. M. , Manson, A. L. , Bittker, J. A. , Sun, W. , Fitzgerald, M. E. , He, Z. , Lee, M. D. , Marie, J. - C. , Muncipinto, G. , Rush, D. , Xu, D. , Xu, H. , Zhang, M. , Earl, A. M. , Palmer, M. A. , Foley, M. A. , Vacca, J. P. , and Scherer, C. A. , Identification of Highly Specific Diversity-Oriented Synthesis-Derived Inhibitors of Clostridium difficile., ACS Infect Dis, vol. 3, no. 5, pp. 349-359, 2017.
K. Dukik, Muñoz, J. F. , Jiang, Y. , Feng, P. , Sigler, L. , J Stielow, B. , Freeke, J. , Jamalian, A. , van den Ende, B. Gerrits, McEwen, J. G. , Clay, O. K. , Schwartz, I. S. , Govender, N. P. , Maphanga, T. G. , Cuomo, C. A. , Moreno, L. F. , Kenyon, C. , Borman, A. M. , and de Hoog, S. , Novel taxa of thermally dimorphic systemic pathogens in the Ajellomycetaceae (Onygenales)., Mycoses, vol. 60, no. 5, pp. 296-309, 2017.
G. C. Cerqueira, Cheeseman, I. H. , Schaffner, S. F. , Nair, S. , McDew-White, M. , Phyo, A. Pyae, Ashley, E. A. , Melnikov, A. , Rogov, P. , Birren, B. W. , Nosten, F. , Anderson, T. J. C. , and Neafsey, D. E. , Longitudinal genomic surveillance of Plasmodium falciparum malaria parasites reveals complex genomic architecture of emerging artemisinin resistance., Genome Biol, vol. 18, no. 1, p. 78, 2017.
H. L. Schreiber, Conover, M. S. , Chou, W. - C. , Hibbing, M. E. , Manson, A. L. , Dodson, K. W. , Hannan, T. J. , Roberts, P. L. , Stapleton, A. E. , Hooton, T. M. , Livny, J. , Earl, A. M. , and Hultgren, S. J. , Bacterial virulence phenotypes of Escherichia coli and host susceptibility determine risk for urinary tract infections., Sci Transl Med, vol. 9, no. 382, 2017.
Y. Chen, Farrer, R. A. , Giamberardino, C. , Sakthikumar, S. , Jones, A. , Yang, T. , Tenor, J. L. , Wagih, O. , Van Wyk, M. , Govender, N. P. , Mitchell, T. G. , Litvintseva, A. P. , Cuomo, C. A. , and Perfect, J. R. , Microevolution of Serial Clinical Isolates of Cryptococcus neoformans var. grubii and C. gattii., MBio, vol. 8, no. 2, 2017.
D. Tamayo, Muñoz, J. F. , Almeida, A. J. , Puerta, J. D. , Restrepo, Á. , Cuomo, C. A. , McEwen, J. G. , and Hernández, O. , Paracoccidioides spp. catalases and their role in antioxidant defense against host defense responses., Fungal Genet Biol, vol. 100, pp. 22-32, 2017.
A. L. Manson, Cohen, K. A. , Abeel, T. , Desjardins, C. A. , Armstrong, D. T. , Barry, C. E. , Brand, J. , Chapman, S. B. , Cho, S. - N. , Gabrielian, A. , Gomez, J. , Jodals, A. M. , Joloba, M. , Jureen, P. , Lee, J. Seok, Malinga, L. , Maiga, M. , Nordenberg, D. , Noroc, E. , Romancenco, E. , Salazar, A. , Ssengooba, W. , Velayati, A. A. , Winglee, K. , Zalutskaya, A. , Via, L. E. , Cassell, G. H. , Dorman, S. E. , Ellner, J. , Farnia, P. , Galagan, J. E. , Rosenthal, A. , Crudu, V. , Homorodean, D. , Hsueh, P. - R. , Narayanan, S. , Pym, A. S. , Skrahina, A. , Swaminathan, S. , Van der Walt, M. , Alland, D. , Bishai, W. R. , Cohen, T. , Hoffner, S. , Birren, B. W. , and Earl, A. M. , Genomic analysis of globally diverse Mycobacterium tuberculosis strains provides insights into the emergence and spread of multidrug resistance., Nat Genet, vol. 49, no. 3, pp. 395-402, 2017.
L. Issi, Farrer, R. A. , Pastor, K. , Landry, B. , Delorey, T. , Bell, G. W. , Thompson, D. A. , Cuomo, C. A. , and Rao, R. P. , Zinc Cluster Transcription Factors Alter Virulence in Candida albicans., Genetics, vol. 205, no. 2, pp. 559-576, 2017.
K. R. Wollenberg, Desjardins, C. A. , Zalutskaya, A. , Slodovnikova, V. , Oler, A. J. , Quiñones, M. , Abeel, T. , Chapman, S. B. , Tartakovsky, M. , Gabrielian, A. , Hoffner, S. , Skrahin, A. , Birren, B. W. , Rosenthal, A. , Skrahina, A. , and Earl, A. M. , Whole-Genome Sequencing of Mycobacterium tuberculosis Provides Insight into the Evolution and Genetic Composition of Drug-Resistant Tuberculosis in Belarus., J Clin Microbiol, vol. 55, no. 2, pp. 457-469, 2017.
G. C. Cerqueira, Earl, A. M. , Ernst, C. M. , Grad, Y. H. , Dekker, J. P. , Feldgarden, M. , Chapman, S. B. , Reis-Cunha, J. L. , Shea, T. P. , Young, S. , Zeng, Q. , Delaney, M. L. , Kim, D. , Peterson, E. M. , O'Brien, T. F. , Ferraro, M. Jane, Hooper, D. C. , Huang, S. S. , Kirby, J. E. , Onderdonk, A. B. , Birren, B. W. , Hung, D. T. , Cosimi, L. A. , Wortman, J. R. , Murphy, C. I. , and Hanage, W. P. , Multi-institute analysis of carbapenem resistance reveals remarkable diversity, unexplained mechanisms, and limited clonal outbreaks., Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 114, no. 5, pp. 1135-1140, 2017.
S. R. Lockhart, Etienne, K. A. , Vallabhaneni, S. , Farooqi, J. , Chowdhary, A. , Govender, N. P. , Colombo, A. Lopes, Calvo, B. , Cuomo, C. A. , Desjardins, C. A. , Berkow, E. L. , Castanheira, M. , Magobo, R. E. , Jabeen, K. , Asghar, R. J. , Meis, J. F. , Jackson, B. , Chiller, T. , and Litvintseva, A. P. , Simultaneous Emergence of Multidrug-Resistant Candida auris on 3 Continents Confirmed by Whole-Genome Sequencing and Epidemiological Analyses., Clin Infect Dis, vol. 64, no. 2, pp. 134-140, 2017.
R. A. Farrer, Voelz, K. , Henk, D. A. , Johnston, S. A. , Fisher, M. C. , May, R. C. , and Cuomo, C. A. , Microevolutionary traits and comparative population genomics of the emerging pathogenic fungus Cryptococcus gattii., Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci, vol. 371, no. 1709, 2016.
W. E. Diehl, Lin, A. E. , Grubaugh, N. D. , Carvalho, L. Max, Kim, K. , Kyawe, P. Phyo, McCauley, S. M. , Donnard, E. , Kucukural, A. , McDonel, P. , Schaffner, S. F. , Garber, M. , Rambaut, A. , Andersen, K. G. , Sabeti, P. C. , and Luban, J. , Ebola Virus Glycoprotein with Increased Infectivity Dominated the 2013-2016 Epidemic., Cell, vol. 167, no. 4, pp. 1088-1098.e6, 2016.
D. Zhang, Gomez, J. E. , Chien, J. - Y. , Haseley, N. , Desjardins, C. A. , Earl, A. M. , Hsueh, P. - R. , and Hung, D. T. , Genomic Analysis of the Evolution of Fluoroquinolone Resistance in Mycobacterium tuberculosis Prior to Tuberculosis Diagnosis., Antimicrob Agents Chemother, vol. 60, no. 11, pp. 6600-6608, 2016.
V. P. O'Brien, Hannan, T. J. , Yu, L. , Livny, J. , Roberson, E. D. O. , Schwartz, D. J. , Souza, S. , Mendelsohn, C. L. , Colonna, M. , Lewis, A. L. , and Hultgren, S. J. , A mucosal imprint left by prior Escherichia coli bladder infection sensitizes to recurrent disease., Nat Microbiol, vol. 2, p. 16196, 2016.
M. Z. Anderson, Porman, A. M. , Wang, N. , Mancera, E. , Huang, D. , Cuomo, C. A. , and Bennett, R. J. , A Multistate Toggle Switch Defines Fungal Cell Fates and Is Regulated by Synergistic Genetic Cues., PLoS Genet, vol. 12, no. 10, p. e1006353, 2016.
M. Maiga, Cohen, K. , Baya, B. , Srikrishna, G. , Siddiqui, S. , Sanogo, M. , Somboro, A. M. , Diarra, B. , Diallo, M. H. , Mazumdar, V. , Yoder, C. , Orsega, S. , Belson, M. , Kassambara, H. , Goita, D. , Murphy, R. L. , Dao, S. , Polis, M. , Diallo, S. , Timmins, G. S. , Dodd, L. , Earl, A. M. , and Bishai, W. R. , Stool microbiome reveals diverse bacterial ureases as confounders of oral urea breath testing for Helicobacter pylori and Mycobacterium tuberculosis in Bamako, Mali., J Breath Res, vol. 10, no. 3, p. 036012, 2016.
J. Abed, Emgård, J. E. M. , Zamir, G. , Faroja, M. , Almogy, G. , Grenov, A. , Sol, A. , Naor, R. , Pikarsky, E. , Atlan, K. A. , Mellul, A. , Chaushu, S. , Manson, A. L. , Earl, A. M. , Ou, N. , Brennan, C. A. , Garrett, W. S. , and Bachrach, G. , Fap2 Mediates Fusobacterium nucleatum Colorectal Adenocarcinoma Enrichment by Binding to Tumor-Expressed Gal-GalNAc., Cell Host Microbe, vol. 20, no. 2, pp. 215-25, 2016.
D. N. Hupalo, Luo, Z. , Melnikov, A. , Sutton, P. L. , Rogov, P. , Escalante, A. , Vallejo, A. F. , Herrera, S. , Arevalo-Herrera, M. , Fan, Q. , Wang, Y. , Cui, L. , Lucas, C. M. , Durand, S. , Sanchez, J. F. , G Baldeviano, C. , Lescano, A. G. , Laman, M. , Barnadas, C. , Barry, A. , Mueller, I. , Kazura, J. W. , Eapen, A. , Kanagaraj, D. , Valecha, N. , Ferreira, M. U. , Roobsoong, W. , Nguitragool, W. , Sattabonkot, J. , Gamboa, D. , Kosek, M. , Vinetz, J. M. , González-Cerón, L. , Birren, B. W. , Neafsey, D. E. , and Carlton, J. M. , Population genomics studies identify signatures of global dispersal and drug resistance in Plasmodium vivax., Nat Genet, vol. 48, no. 8, pp. 953-8, 2016.
O. A. Folarin, Ehichioya, D. , Schaffner, S. F. , Winnicki, S. M. , Wohl, S. , Eromon, P. , West, K. L. , Gladden-Young, A. , Oyejide, N. E. , Matranga, C. B. , Deme, A. Bineta, James, A. , Tomkins-Tinch, C. , Onyewurunwa, K. , Ladner, J. T. , Palacios, G. , Nosamiefan, I. , Andersen, K. G. , Omilabu, S. , Park, D. J. , Yozwiak, N. L. , Nasidi, A. , Garry, R. F. , Tomori, O. , Sabeti, P. C. , and Happi, C. T. , Ebola Virus Epidemiology and Evolution in Nigeria., J Infect Dis, 2016.
C. B. Matranga, Gladden-Young, A. , Qu, J. , Winnicki, S. , Nosamiefan, D. , Levin, J. Z. , and Sabeti, P. C. , Unbiased Deep Sequencing of RNA Viruses from Clinical Samples., J Vis Exp, no. 113, 2016.
S. Schmidt Grant, Wellington, S. , Kawate, T. , Desjardins, C. A. , Silvis, M. R. , Wivagg, C. , Thompson, M. , Gordon, K. , Kazyanskaya, E. , Nietupski, R. , Haseley, N. , Iwase, N. , Earl, A. M. , Fitzgerald, M. , and Hung, D. T. , Baeyer-Villiger Monooxygenases EthA and MymA Are Required for Activation of Replicating and Non-replicating Mycobacterium tuberculosis Inhibitors., Cell Chem Biol, vol. 23, no. 6, pp. 666-77, 2016.
C. A. Desjardins, Cohen, K. A. , Munsamy, V. , Abeel, T. , Maharaj, K. , Walker, B. J. , Shea, T. P. , Almeida, D. V. , Manson, A. L. , Salazar, A. , Padayatchi, N. , O'Donnell, M. R. , Mlisana, K. P. , Wortman, J. , Birren, B. W. , Grosset, J. , Earl, A. M. , and Pym, A. S. , Genomic and functional analyses of Mycobacterium tuberculosis strains implicate ald in D-cycloserine resistance., Nat Genet, vol. 48, no. 5, pp. 544-51, 2016.
L. A. Malinga, Abeel, T. , Desjardins, C. A. , Dlamini, T. C. , Cassell, G. , Chapman, S. B. , Birren, B. W. , Earl, A. M. , and Van der Walt, M. , Draft Genome Sequences of Two Extensively Drug-Resistant Strains of Mycobacterium tuberculosis Belonging to the Euro-American S Lineage., Genome Announc, vol. 4, no. 2, 2016.
A. Akbar Velayati, Abeel, T. , Shea, T. , Zhavnerko, G. Konstantin, Birren, B. , Cassell, G. H. , Earl, A. M. , Hoffner, S. , and Farnia, P. , Populations of latent Mycobacterium tuberculosis lack a cell wall: Isolation, visualization, and whole-genome characterization., Int J Mycobacteriol, vol. 5, no. 1, pp. 66-73, 2016.
J. F. Muñoz, Farrer, R. A. , Desjardins, C. A. , Gallo, J. E. , Sykes, S. , Sakthikumar, S. , Misas, E. , Whiston, E. A. , Bagagli, E. , Soares, C. M. A. , Teixeira, Mde M. , Taylor, J. W. , Clay, O. K. , McEwen, J. G. , and Cuomo, C. A. , Genome Diversity, Recombination, and Virulence across the Major Lineages of Paracoccidioides., mSphere, vol. 1, no. 5, 2016.
K. Winglee, McGuire, A. Manson, Maiga, M. , Abeel, T. , Shea, T. , Desjardins, C. A. , Diarra, B. , Baya, B. , Sanogo, M. , Diallo, S. , Earl, A. M. , and Bishai, W. R. , Whole Genome Sequencing of Mycobacterium africanum Strains from Mali Provides Insights into the Mechanisms of Geographic Restriction., PLoS Negl Trop Dis, vol. 10, no. 1, p. e0004332, 2016.
J. T. Ladner, Wiley, M. R. , Mate, S. , Dudas, G. , Prieto, K. , Lovett, S. , Nagle, E. R. , Beitzel, B. , Gilbert, M. L. , Fakoli, L. , Diclaro, J. W. , Schoepp, R. J. , Fair, J. , Kuhn, J. H. , Hensley, L. E. , Park, D. J. , Sabeti, P. C. , Rambaut, A. , Sanchez-Lockhart, M. , Bolay, F. K. , Kugelman, J. R. , and Palacios, G. , Evolution and Spread of Ebola Virus in Liberia, 2014-2015., Cell Host Microbe, vol. 18, no. 6, pp. 659-69, 2015.
D. E. Neafsey, Juraska, M. , Bedford, T. , Benkeser, D. , Valim, C. , Griggs, A. , Lievens, M. , Abdulla, S. , Adjei, S. , Agbenyega, T. , Agnandji, S. T. , Aide, P. , Anderson, S. , Ansong, D. , Aponte, J. J. , Asante, K. Poku, Bejon, P. , Birkett, A. J. , Bruls, M. , Connolly, K. M. , D'Alessandro, U. , Dobaño, C. , Gesase, S. , Greenwood, B. , Grimsby, J. , Tinto, H. , Hamel, M. J. , Hoffman, I. , Kamthunzi, P. , Kariuki, S. , Kremsner, P. G. , Leach, A. , Lell, B. , Lennon, N. J. , Lusingu, J. , Marsh, K. , Martinson, F. , Molel, J. T. , Moss, E. L. , Njuguna, P. , Ockenhouse, C. F. , Ogutu, B. Ragama, Otieno, W. , Otieno, L. , Otieno, K. , Owusu-Agyei, S. , Park, D. J. , Pellé, K. , Robbins, D. , Russ, C. , Ryan, E. M. , Sacarlal, J. , Sogoloff, B. , Sorgho, H. , Tanner, M. , Theander, T. , Valea, I. , Volkman, S. K. , Yu, Q. , Lapierre, D. , Birren, B. W. , Gilbert, P. B. , and Wirth, D. F. , Genetic Diversity and Protective Efficacy of the RTS,S/AS01 Malaria Vaccine., N Engl J Med, vol. 373, no. 21, pp. 2025-37, 2015.
J. F. Muñoz, Gauthier, G. M. , Desjardins, C. A. , Gallo, J. E. , Holder, J. , Sullivan, T. D. , Marty, A. J. , Carmen, J. C. , Chen, Z. , Ding, L. , Gujja, S. , Magrini, V. , Misas, E. , Mitreva, M. , Priest, M. , Saif, S. , Whiston, E. A. , Young, S. , Zeng, Q. , Goldman, W. E. , Mardis, E. R. , Taylor, J. W. , McEwen, J. G. , Clay, O. K. , Klein, B. S. , and Cuomo, C. A. , The Dynamic Genome and Transcriptome of the Human Fungal Pathogen Blastomyces and Close Relative Emmonsia., PLoS Genet, vol. 11, no. 10, p. e1005493, 2015.
S. Pelleau, Moss, E. L. , Dhingra, S. K. , Volney, B. , Casteras, J. , Gabryszewski, S. J. , Volkman, S. K. , Wirth, D. F. , Legrand, E. , Fidock, D. A. , Neafsey, D. E. , and Musset, L. , Adaptive evolution of malaria parasites in French Guiana: Reversal of chloroquine resistance by acquisition of a mutation in pfcrt., Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 112, no. 37, pp. 11672-7, 2015.
K. A. Cohen, Abeel, T. , McGuire, A. Manson, Desjardins, C. A. , Munsamy, V. , Shea, T. P. , Walker, B. J. , Bantubani, N. , Almeida, D. V. , Alvarado, L. , Chapman, S. B. , Mvelase, N. R. , Duffy, E. Y. , FitzGerald, M. G. , Govender, P. , Gujja, S. , Hamilton, S. , Howarth, C. , Larimer, J. D. , Maharaj, K. , Pearson, M. D. , Priest, M. E. , Zeng, Q. , Padayatchi, N. , Grosset, J. , Young, S. K. , Wortman, J. , Mlisana, K. P. , O'Donnell, M. R. , Birren, B. W. , Bishai, W. R. , Pym, A. S. , and Earl, A. M. , Evolution of Extensively Drug-Resistant Tuberculosis over Four Decades: Whole Genome Sequencing and Dating Analysis of Mycobacterium tuberculosis Isolates from KwaZulu-Natal., PLoS Med, vol. 12, no. 9, p. e1001880, 2015.
R. A. Farrer, Desjardins, C. A. , Sakthikumar, S. , Gujja, S. , Saif, S. , Zeng, Q. , Chen, Y. , Voelz, K. , Heitman, J. , May, R. C. , Fisher, M. C. , and Cuomo, C. A. , Genome Evolution and Innovation across the Four Major Lineages of Cryptococcus gattii., MBio, vol. 6, no. 5, pp. e00868-15, 2015.
E. Sefik, Geva-Zatorsky, N. , Oh, S. , Konnikova, L. , Zemmour, D. , McGuire, A. Manson, Burzyn, D. , Ortiz-Lopez, A. , Lobera, M. , Yang, J. , Ghosh, S. , Earl, A. , Snapper, S. B. , Jupp, R. , Kasper, D. , Mathis, D. , and Benoist, C. , MUCOSAL IMMUNOLOGY. Individual intestinal symbionts induce a distinct population of RORγ⁺ regulatory T cells., Science, vol. 349, no. 6251, pp. 993-7, 2015.
Y. H. Woo, Ansari, H. , Otto, T. D. , Klinger, C. M. , Kolisko, M. , Michálek, J. , Saxena, A. , Shanmugam, D. , Tayyrov, A. , Veluchamy, A. , Ali, S. , Bernal, A. , del Campo, J. , Cihlář, J. , Flegontov, P. , Gornik, S. G. , Hajdušková, E. , Horák, A. , Janouškovec, J. , Katris, N. J. , Mast, F. D. , Miranda-Saavedra, D. , Mourier, T. , Naeem, R. , Nair, M. , Panigrahi, A. K. , Rawlings, N. D. , Padron-Regalado, E. , Ramaprasad, A. , Samad, N. , Tomčala, A. , Wilkes, J. , Neafsey, D. E. , Doerig, C. , Bowler, C. , Keeling, P. J. , Roos, D. S. , Dacks, J. B. , Templeton, T. J. , Waller, R. F. , Lukeš, J. , Oborník, M. , and Pain, A. , Chromerid genomes reveal the evolutionary path from photosynthetic algae to obligate intracellular parasites., Elife, vol. 4, p. e06974, 2015.
M. O Williams, Abeel, T. , Casali, N. , Cohen, K. , Pym, A. S. , Mungall, S. B. , Desjardins, C. A. , Banerjee, A. , Drobniewski, F. , Earl, A. M. , and Cooke, G. S. , Fatal nosocomial MDR TB identified through routine genetic analysis and whole-genome sequencing., Emerg Infect Dis, vol. 21, no. 6, pp. 1082-4, 2015.
C. A. Desjardins, Sanscrainte, N. D. , Goldberg, J. M. , Heiman, D. , Young, S. , Zeng, Q. , Madhani, H. D. , Becnel, J. J. , and Cuomo, C. A. , Contrasting host-pathogen interactions and genome evolution in two generalist and specialist microsporidian pathogens of mosquitoes., Nat Commun, vol. 6, p. 7121, 2015.
M. P. Hirakawa, Martinez, D. A. , Sakthikumar, S. , Anderson, M. Z. , Berlin, A. , Gujja, S. , Zeng, Q. , Zisson, E. , Wang, J. M. , Greenberg, J. M. , Berman, J. , Bennett, R. J. , and Cuomo, C. A. , Genetic and phenotypic intra-species variation in Candida albicans., Genome Res, vol. 25, no. 3, pp. 413-25, 2015.
M. H. Stremlau, Andersen, K. G. , Folarin, O. A. , Grove, J. N. , Odia, I. , Ehiane, P. E. , Omoniwa, O. , Omoregie, O. , Jiang, P. - P. , Yozwiak, N. L. , Matranga, C. B. , Yang, X. , Gire, S. K. , Winnicki, S. , Tariyal, R. , Schaffner, S. F. , Okokhere, P. O. , Okogbenin, S. , Akpede, G. O. , Asogun, D. A. , Agbonlahor, D. E. , Walker, P. J. , Tesh, R. B. , Levin, J. Z. , Garry, R. F. , Sabeti, P. C. , and Happi, C. T. , Discovery of novel rhabdoviruses in the blood of healthy individuals from West Africa., PLoS Negl Trop Dis, vol. 9, no. 3, p. e0003631, 2015.
N. L. Yozwiak, Schaffner, S. F. , and Sabeti, P. C. , Data sharing: Make outbreak research open access., Nature, vol. 518, no. 7540, pp. 477-9, 2015.
M. Lauck, Bailey, A. L. , Andersen, K. G. , Goldberg, T. L. , Sabeti, P. C. , and O'Connor, D. H. , GB virus C coinfections in west African Ebola patients., J Virol, vol. 89, no. 4, pp. 2425-9, 2015.
I. S. Schwartz, Kenyon, C. , Feng, P. , Govender, N. P. , Dukik, K. , Sigler, L. , Jiang, Y. , J Stielow, B. , Muñoz, J. F. , Cuomo, C. A. , Botha, A. , Stchigel, A. M. , and G de Hoog, S. , 50 Years of Emmonsia Disease in Humans: The Dramatic Emergence of a Cluster of Novel Fungal Pathogens., PLoS Pathog, vol. 11, no. 11, p. e1005198, 2015.
D. H. Taft, Ambalavanan, N. , Schibler, K. R. , Yu, Z. , Newburg, D. S. , Deshmukh, H. , Ward, D. V. , and Morrow, A. L. , Center Variation in Intestinal Microbiota Prior to Late-Onset Sepsis in Preterm Infants., PLoS One, vol. 10, no. 6, p. e0130604, 2015.
J. F. Muñoz, Gallo, J. E. , Misas, E. , Priest, M. , Imamovic, A. , Young, S. , Zeng, Q. , Clay, O. K. , McEwen, J. G. , and Cuomo, C. A. , Genome update of the dimorphic human pathogenic fungi causing paracoccidioidomycosis., PLoS Negl Trop Dis, vol. 8, no. 12, p. e3348, 2014.
J. S. Schieffelin, Shaffer, J. G. , Goba, A. , Gbakie, M. , Gire, S. K. , Colubri, A. , Sealfon, R. S. G. , Kanneh, L. , Moigboi, A. , Momoh, M. , Fullah, M. , Moses, L. M. , Brown, B. L. , Andersen, K. G. , Winnicki, S. , Schaffner, S. F. , Park, D. J. , Yozwiak, N. L. , Jiang, P. - P. , Kargbo, D. , Jalloh, S. , Fonnie, M. , Sinnah, V. , French, I. , Kovoma, A. , Kamara, F. K. , Tucker, V. , Konuwa, E. , Sellu, J. , Mustapha, I. , Foday, M. , Yillah, M. , Kanneh, F. , Saffa, S. , Massally, J. L. B. , Boisen, M. L. , Branco, L. M. , Vandi, M. A. , Grant, D. S. , Happi, C. , Gevao, S. M. , Fletcher, T. E. , Fowler, R. A. , Bausch, D. G. , Sabeti, P. C. , S Khan, H. , and Garry, R. F. , Clinical illness and outcomes in patients with Ebola in Sierra Leone., N Engl J Med, vol. 371, no. 22, pp. 2092-100, 2014.
M. D. Valentino, McGuire, A. Manson, Rosch, J. W. , Bispo, P. J. M. , Burnham, C. , Sanfilippo, C. M. , Carter, R. A. , Zegans, M. E. , Beall, B. , Earl, A. M. , Tuomanen, E. I. , Morris, T. W. , Haas, W. , and Gilmore, M. S. , Unencapsulated Streptococcus pneumoniae from conjunctivitis encode variant traits and belong to a distinct phylogenetic cluster., Nat Commun, vol. 5, p. 5411, 2014.
A. Manson McGuire, Cochrane, K. , Griggs, A. D. , Haas, B. J. , Abeel, T. , Zeng, Q. , Nice, J. B. , MacDonald, H. , Birren, B. W. , Berger, B. W. , Allen-Vercoe, E. , and Earl, A. M. , Evolution of invasion in a diverse set of Fusobacterium species., MBio, vol. 5, no. 6, p. e01864, 2014.
M. Touchon, Cury, J. , Yoon, E. - J. , Krizova, L. , Cerqueira, G. C. , Murphy, C. , Feldgarden, M. , Wortman, J. , Clermont, D. , Lambert, T. , Grillot-Courvalin, C. , Nemec, A. , Courvalin, P. , and Rocha, E. P. C. , The genomic diversification of the whole Acinetobacter genus: origins, mechanisms, and consequences., Genome Biol Evol, vol. 6, no. 10, pp. 2866-82, 2014.
M. V. Sizova, Muller, P. A. , Stancyk, D. , Panikov, N. S. , Mandalakis, M. , Hazen, A. , Hohmann, T. , Doerfert, S. N. , Fowle, W. , Earl, A. M. , Nelson, K. E. , and Epstein, S. S. , Oribacterium parvum sp. nov. and Oribacterium asaccharolyticum sp. nov., obligately anaerobic bacteria from the human oral cavity, and emended description of the genus Oribacterium., Int J Syst Evol Microbiol, vol. 64, no. Pt 8, pp. 2642-9, 2014.
M. J. Coyne, Zitomersky, N. Levy, McGuire, A. Manson, Earl, A. M. , and Comstock, L. E. , Evidence of extensive DNA transfer between bacteroidales species within the human gut., MBio, vol. 5, no. 3, pp. e01305-14, 2014.
E. A. Franzosa, Morgan, X. C. , Segata, N. , Waldron, L. , Reyes, J. , Earl, A. M. , Giannoukos, G. , Boylan, M. R. , Ciulla, D. , Gevers, D. , Izard, J. , Garrett, W. S. , Chan, A. T. , and Huttenhower, C. , Relating the metatranscriptome and metagenome of the human gut., Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 111, no. 22, pp. E2329-38, 2014.
M. A. Bakowski, Desjardins, C. A. , Smelkinson, M. G. , Dunbar, T. L. , Dunbar, T. A. , Lopez-Moyado, I. F. , Rifkin, S. A. , Cuomo, C. A. , and Troemel, E. R. , Ubiquitin-mediated response to microsporidia and virus infection in C. elegans., PLoS Pathog, vol. 10, no. 6, p. e1004200, 2014.
G. Janbon, Ormerod, K. L. , Paulet, D. , Byrnes, E. J. , Yadav, V. , Chatterjee, G. , Mullapudi, N. , Hon, C. - C. , R Billmyre, B. , Brunel, F. , Bahn, Y. - S. , Chen, W. , Chen, Y. , Chow, E. W. L. , Coppée, J. - Y. , Floyd-Averette, A. , Gaillardin, C. , Gerik, K. J. , Goldberg, J. , Gonzalez-Hilarion, S. , Gujja, S. , Hamlin, J. L. , Hsueh, Y. - P. , Ianiri, G. , Jones, S. , Kodira, C. D. , Kozubowski, L. , Lam, W. , Marra, M. , Mesner, L. D. , Mieczkowski, P. A. , Moyrand, F. , Nielsen, K. , Proux, C. , Rossignol, T. , Schein, J. E. , Sun, S. , Wollschlaeger, C. , Wood, I. A. , Zeng, Q. , Neuvéglise, C. , Newlon, C. S. , Perfect, J. R. , Lodge, J. K. , Idnurm, A. , Stajich, J. E. , Kronstad, J. W. , Sanyal, K. , Heitman, J. , Fraser, J. A. , Cuomo, C. A. , and Dietrich, F. S. , Analysis of the genome and transcriptome of Cryptococcus neoformans var. grubii reveals complex RNA expression and microevolution leading to virulence attenuation., PLoS Genet, vol. 10, no. 4, p. e1004261, 2014.
M. S. Calderwood, Desjardins, C. A. , Sakoulas, G. , Nicol, R. , Dubois, A. , Delaney, M. L. , Kleinman, K. , Cosimi, L. A. , Feldgarden, M. , Onderdonk, A. B. , Birren, B. W. , Platt, R. , and Huang, S. S. , Staphylococcal enterotoxin P predicts bacteremia in hospitalized patients colonized with methicillin-resistant Staphylococcus aureus., J Infect Dis, vol. 209, no. 4, pp. 571-7, 2014.
B. J. Walker, Abeel, T. , Shea, T. , Priest, M. , Abouelliel, A. , Sakthikumar, S. , Cuomo, C. A. , Zeng, Q. , Wortman, J. , Young, S. K. , and Earl, A. M. , Pilon: an integrated tool for comprehensive microbial variant detection and genome assembly improvement., PLoS One, vol. 9, no. 11, p. e112963, 2014.
E. A. Rundell, Banta, L. M. , Ward, D. V. , Watts, C. D. , Birren, B. , and Esteban, D. J. , 16S rRNA gene survey of microbial communities in Winogradsky columns., PLoS One, vol. 9, no. 8, p. e104134, 2014.
B. Périchon, Goussard, S. , Walewski, V. , Krizova, L. , Cerqueira, G. , Murphy, C. , Feldgarden, M. , Wortman, J. , Clermont, D. , Nemec, A. , and Courvalin, P. , Identification of 50 class D β-lactamases and 65 Acinetobacter-derived cephalosporinases in Acinetobacter spp., Antimicrob Agents Chemother, vol. 58, no. 2, pp. 936-49, 2014.
D. H. Taft, Ambalavanan, N. , Schibler, K. R. , Yu, Z. , Newburg, D. S. , Ward, D. V. , and Morrow, A. L. , Intestinal microbiota of preterm infants differ over time and between hospitals., Microbiome, vol. 2, p. 36, 2014.
C. B. Matranga, Andersen, K. G. , Winnicki, S. , Busby, M. , Gladden, A. D. , Tewhey, R. , Stremlau, M. , Berlin, A. , Gire, S. K. , England, E. , Moses, L. M. , Mikkelsen, T. S. , Odia, I. , Ehiane, P. E. , Folarin, O. , Goba, A. , S Kahn, H. , Grant, D. S. , Honko, A. , Hensley, L. , Happi, C. , Garry, R. F. , Malboeuf, C. M. , Birren, B. W. , Gnirke, A. , Levin, J. Z. , and Sabeti, P. C. , Enhanced methods for unbiased deep sequencing of Lassa and Ebola RNA viruses from clinical and biological samples., Genome Biol, vol. 15, no. 11, p. 519, 2014.
V. G. Dugan, Emrich, S. J. , Giraldo-Calderón, G. I. , Harb, O. S. , Newman, R. M. , Pickett, B. E. , Schriml, L. M. , Stockwell, T. B. , Stoeckert, C. J. , Sullivan, D. E. , Singh, I. , Ward, D. V. , Yao, A. , Zheng, J. , Barrett, T. , Birren, B. , Brinkac, L. , Bruno, V. M. , Caler, E. , Chapman, S. , Collins, F. H. , Cuomo, C. A. , Di Francesco, V. , Durkin, S. , Eppinger, M. , Feldgarden, M. , Fraser, C. , W Fricke, F. , Giovanni, M. , Henn, M. R. , Hine, E. , Hotopp, J. Dunning, Karsch-Mizrachi, I. , Kissinger, J. C. , Lee, E. Mi, Mathur, P. , Mongodin, E. F. , Murphy, C. I. , Myers, G. , Neafsey, D. E. , Nelson, K. E. , Nierman, W. C. , Puzak, J. , Rasko, D. , Roos, D. S. , Sadzewicz, L. , Silva, J. C. , Sobral, B. , R Squires, B. , Stevens, R. L. , Tallon, L. , Tettelin, H. , Wentworth, D. , White, O. , Will, R. , Wortman, J. , Zhang, Y. , and Scheuermann, R. H. , Standardized metadata for human pathogen/vector genomic sequences., PLoS One, vol. 9, no. 6, p. e99979, 2014.
F. Lebreton, van Schaik, W. , McGuire, A. Manson, Godfrey, P. , Griggs, A. , Mazumdar, V. , Corander, J. , Cheng, L. , Saif, S. , Young, S. , Zeng, Q. , Wortman, J. , Birren, B. , Willems, R. J. L. , Earl, A. M. , and Gilmore, M. S. , Emergence of epidemic multidrug-resistant Enterococcus faecium from animal and commensal strains., MBio, vol. 4, no. 4, 2013.
C. A. Desjardins, Cerqueira, G. C. , Goldberg, J. M. , Hotopp, J. C. Dunning, Haas, B. J. , Zucker, J. , Ribeiro, J. M. C. , Saif, S. , Levin, J. Z. , Fan, L. , Zeng, Q. , Russ, C. , Wortman, J. R. , Fink, D. L. , Birren, B. W. , and Nutman, T. B. , Genomics of Loa loa, a Wolbachia-free filarial parasite of humans., Nat Genet, vol. 45, no. 5, pp. 495-500, 2013.
C. M. Malboeuf, Yang, X. , Charlebois, P. , Qu, J. , Berlin, A. M. , Casali, M. , Pesko, K. N. , Boutwell, C. L. , DeVincenzo, J. P. , Ebel, G. D. , Allen, T. M. , Zody, M. C. , Henn, M. R. , and Levin, J. Z. , Complete viral RNA genome sequencing of ultra-low copy samples by sequence-independent amplification., Nucleic Acids Res, vol. 41, no. 1, p. e13, 2013.
H. C. den Bakker, Desjardins, C. A. , Griggs, A. D. , Peters, J. E. , Zeng, Q. , Young, S. K. , Kodira, C. D. , Yandava, C. , Hepburn, T. A. , Haas, B. J. , Birren, B. W. , and Wiedmann, M. , Evolutionary dynamics of the accessory genome of Listeria monocytogenes., PLoS One, vol. 8, no. 6, p. e67511, 2013.
W. Li, Sullivan, T. D. , Walton, E. , Averette, A. Floyd, Sakthikumar, S. , Cuomo, C. A. , Klein, B. S. , and Heitman, J. , Identification of the mating-type (MAT) locus that controls sexual reproduction of Blastomyces dermatitidis., Eukaryot Cell, vol. 12, no. 1, pp. 109-17, 2013.
C. A. Cuomo, Desjardins, C. A. , Bakowski, M. A. , Goldberg, J. , Ma, A. T. , Becnel, J. J. , Didier, E. S. , Fan, L. , Heiman, D. I. , Levin, J. Z. , Young, S. , Zeng, Q. , and Troemel, E. R. , Microsporidian genome analysis reveals evolutionary strategies for obligate intracellular growth., Genome Res, vol. 22, no. 12, pp. 2478-88, 2012.
S. K. Gire, Stremlau, M. , Andersen, K. G. , Schaffner, S. F. , Bjornson, Z. , Rubins, K. , Hensley, L. , McCormick, J. B. , Lander, E. S. , Garry, R. F. , Happi, C. , and Sabeti, P. C. , Epidemiology. Emerging disease or diagnosis?, Science, vol. 338, no. 6108, pp. 750-2, 2012.
D. E. Neafsey, Galinsky, K. , H Y Jiang, R. , Young, L. , Sykes, S. M. , Saif, S. , Gujja, S. , Goldberg, J. M. , Young, S. , Zeng, Q. , Chapman, S. B. , Dash, A. P. , Anvikar, A. R. , Sutton, P. L. , Birren, B. W. , Escalante, A. A. , Barnwell, J. W. , and Carlton, J. M. , The malaria parasite Plasmodium vivax exhibits greater genetic diversity than Plasmodium falciparum., Nat Genet, vol. 44, no. 9, pp. 1046-50, 2012.
P. R. McAdam, Templeton, K. E. , Edwards, G. F. , Holden, M. T. G. , Feil, E. J. , Aanensen, D. M. , Bargawi, H. J. A. , Spratt, B. G. , Bentley, S. D. , Parkhill, J. , Enright, M. C. , Holmes, A. , E Girvan, K. , Godfrey, P. A. , Feldgarden, M. , Kearns, A. M. , Rambaut, A. , D Robinson, A. , and J Fitzgerald, R. , Molecular tracing of the emergence, adaptation, and transmission of hospital-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus., Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 109, no. 23, pp. 9107-12, 2012.
A. Manson McGuire, Weiner, B. , Park, S. Tae, Wapinski, I. , Raman, S. , Dolganov, G. , Peterson, M. , Riley, R. , Zucker, J. , Abeel, T. , White, J. , Sisk, P. , Stolte, C. , Koehrsen, M. , Yamamoto, R. T. , Iacobelli-Martinez, M. , Kidd, M. J. , Maer, A. M. , Schoolnik, G. K. , Regev, A. , and Galagan, J. , Comparative analysis of Mycobacterium and related Actinomycetes yields insight into the evolution of Mycobacterium tuberculosis pathogenesis., BMC Genomics, vol. 13, p. 120, 2012.
A. R. Macalalad, Zody, M. C. , Charlebois, P. , Lennon, N. J. , Newman, R. M. , Malboeuf, C. M. , Ryan, E. M. , Boutwell, C. L. , Power, K. A. , Brackney, D. E. , Pesko, K. N. , Levin, J. Z. , Ebel, G. D. , Allen, T. M. , Birren, B. W. , and Henn, M. R. , Highly sensitive and specific detection of rare variants in mixed viral populations from massively parallel sequence data., PLoS Comput Biol, vol. 8, no. 3, p. e1002417, 2012.
A. A. Fodor, DeSantis, T. Z. , Wylie, K. M. , Badger, J. H. , Ye, Y. , Hepburn, T. , Hu, P. , Sodergren, E. , Liolios, K. , Huot-Creasy, H. , Birren, B. W. , and Earl, A. M. , The "most wanted" taxa from the human microbiome for whole genome sequencing., PLoS One, vol. 7, no. 7, p. e41294, 2012.
M. R. Henn, Boutwell, C. L. , Charlebois, P. , Lennon, N. J. , Power, K. A. , Macalalad, A. R. , Berlin, A. M. , Malboeuf, C. M. , Ryan, E. M. , Gnerre, S. , Zody, M. C. , Erlich, R. L. , Green, L. M. , Berical, A. , Wang, Y. , Casali, M. , Streeck, H. , Bloom, A. K. , Dudek, T. , Tully, D. , Newman, R. , Axten, K. L. , Gladden, A. D. , Battis, L. , Kemper, M. , Zeng, Q. , Shea, T. P. , Gujja, S. , Zedlack, C. , Gasser, O. , Brander, C. , Hess, C. , Günthard, H. F. , Brumme, Z. L. , Brumme, C. J. , Bazner, S. , Rychert, J. , Tinsley, J. P. , Mayer, K. H. , Rosenberg, E. , Pereyra, F. , Levin, J. Z. , Young, S. K. , Jessen, H. , Altfeld, M. , Birren, B. W. , Walker, B. D. , and Allen, T. M. , Whole genome deep sequencing of HIV-1 reveals the impact of early minor variants upon immune recognition during acute infection., PLoS Pathog, vol. 8, no. 3, p. e1002529, 2012.
A. Y. Peleg, de Breij, A. , Adams, M. D. , Cerqueira, G. M. , Mocali, S. , Galardini, M. , Nibbering, P. H. , Earl, A. M. , Ward, D. V. , Paterson, D. L. , Seifert, H. , and Dijkshoorn, L. , The success of acinetobacter species; genetic, metabolic and virulence attributes., PLoS One, vol. 7, no. 10, p. e46984, 2012.
A. M. Earl, Desjardins, C. A. , FitzGerald, M. G. , Arachchi, H. M. , Zeng, Q. , Mehta, T. , Griggs, A. , Birren, B. W. , Toney, N. C. , Carr, J. , Posey, J. , and W Butler, R. , High quality draft genome sequence of Segniliparus rugosus CDC 945(T)= (ATCC BAA-974(T))., Stand Genomic Sci, vol. 5, no. 3, pp. 389-97, 2011.
P. M. Armstrong, Vossbrinck, C. R. , Andreadis, T. G. , Anderson, J. F. , Pesko, K. N. , Newman, R. M. , Lennon, N. J. , Birren, B. W. , Ebel, G. D. , and Henn, M. R. , Molecular evolution of West Nile virus in a northern temperate region: Connecticut, USA 1999-2008., Virology, vol. 417, no. 1, pp. 203-10, 2011.
J. Raghwani, Rambaut, A. , Holmes, E. C. , Hang, V. Ty, Hien, T. Tinh, Farrar, J. , Wills, B. , Lennon, N. J. , Birren, B. W. , Henn, M. R. , and Simmons, C. P. , Endemic dengue associated with the co-circulation of multiple viral lineages and localized density-dependent transmission., PLoS Pathog, vol. 7, no. 6, p. e1002064, 2011.
D. E. Neafsey, Barker, B. M. , Sharpton, T. J. , Stajich, J. E. , Park, D. J. , Whiston, E. , Hung, C. - Y. , McMahan, C. , White, J. , Sykes, S. , Heiman, D. , Young, S. , Zeng, Q. , Abouelleil, A. , Aftuck, L. , Bessette, D. , Brown, A. , Fitzgerald, M. , Lui, A. , J Macdonald, P. , Priest, M. , Orbach, M. J. , Galgiani, J. N. , Kirkland, T. N. , Cole, G. T. , Birren, B. W. , Henn, M. R. , Taylor, J. W. , and Rounsley, S. D. , Population genomic sequencing of Coccidioides fungi reveals recent hybridization and transposon control., Genome Res, vol. 20, no. 7, pp. 938-46, 2010.
N. J. Lennon, Lintner, R. E. , Anderson, S. , Alvarez, P. , Barry, A. , Brockman, W. , Daza, R. , Erlich, R. L. , Giannoukos, G. , Green, L. , Hollinger, A. , Hoover, C. A. , Jaffe, D. B. , Juhn, F. , McCarthy, D. , Perrin, D. , Ponchner, K. , Powers, T. L. , Rizzolo, K. , Robbins, D. , Ryan, E. , Russ, C. , Sparrow, T. , Stalker, J. , Steelman, S. , Weiand, M. , Zimmer, A. , Henn, M. R. , Nusbaum, C. , and Nicol, R. , A scalable, fully automated process for construction of sequence-ready barcoded libraries for 454., Genome Biol, vol. 11, no. 2, p. R15, 2010.
C. Colijn, Brandes, A. , Zucker, J. , Lun, D. S. , Weiner, B. , Farhat, M. R. , Cheng, T. - Y. , D Moody, B. , Murray, M. , and Galagan, J. E. , Interpreting expression data with metabolic flux models: predicting Mycobacterium tuberculosis mycolic acid production., PLoS Comput Biol, vol. 5, no. 8, p. e1000489, 2009.
M. D. Champion, Zeng, Q. , Nix, E. B. , Nano, F. E. , Keim, P. , Kodira, C. D. , Borowsky, M. , Young, S. , Koehrsen, M. , Engels, R. , Pearson, M. , Howarth, C. , Larson, L. , White, J. , Alvarado, L. , Forsman, M. , Bearden, S. W. , Sjöstedt, A. , Titball, R. , Michell, S. L. , Birren, B. , and Galagan, J. , Comparative genomic characterization of Francisella tularensis strains belonging to low and high virulence subspecies., PLoS Pathog, vol. 5, no. 5, p. e1000459, 2009.
D. Y. Chiang, Getz, G. , Jaffe, D. B. , O'Kelly, M. J. T. , Zhao, X. , Carter, S. L. , Russ, C. , Nusbaum, C. , Meyerson, M. , and Lander, E. S. , High-resolution mapping of copy-number alterations with massively parallel sequencing., Nat Methods, vol. 6, no. 1, pp. 99-103, 2009.
C. Nusbaum, Ohsumi, T. K. , Gomez, J. , Aquadro, J. , Victor, T. C. , Warren, R. M. , Hung, D. T. , Birren, B. W. , Lander, E. S. , and Jaffe, D. B. , Sensitive, specific polymorphism discovery in bacteria using massively parallel sequencing., Nat Methods, vol. 6, no. 1, pp. 67-9, 2009.
M. Garber, Zody, M. C. , Arachchi, H. M. , Berlin, A. , Gnerre, S. , Green, L. M. , Lennon, N. , and Nusbaum, C. , Closing gaps in the human genome using sequencing by synthesis., Genome Biol, vol. 10, no. 6, p. R60, 2009.
J. M. Carlton, Escalante, A. A. , Neafsey, D. , and Volkman, S. K. , Comparative evolutionary genomics of human malaria parasites., Trends Parasitol, vol. 24, no. 12, pp. 545-50, 2008.
T. Kuntzen, Timm, J. , Berical, A. , Lennon, N. , Berlin, A. M. , Young, S. K. , Lee, B. , Heckerman, D. , Carlson, J. , Reyor, L. L. , Kleyman, M. , McMahon, C. M. , Birch, C. , Wiesch, J. Schulze Zu, Ledlie, T. , Koehrsen, M. , Kodira, C. , Roberts, A. D. , Lauer, G. M. , Rosen, H. R. , Bihl, F. , Cerny, A. , Spengler, U. , Liu, Z. , Kim, A. Y. , Xing, Y. , Schneidewind, A. , Madey, M. A. , Fleckenstein, J. F. , Park, V. M. , Galagan, J. E. , Nusbaum, C. , Walker, B. D. , Lake-Bakaar, G. V. , Daar, E. S. , Jacobson, I. M. , Gomperts, E. D. , Edlin, B. R. , Donfield, S. M. , Chung, R. T. , Talal, A. H. , Marion, T. , Birren, B. W. , Henn, M. R. , and Allen, T. M. , Naturally occurring dominant resistance mutations to hepatitis C virus protease and polymerase inhibitors in treatment-naïve patients., Hepatology, vol. 48, no. 6, pp. 1769-78, 2008.
R. H. Orsi, Borowsky, M. L. , Lauer, P. , Young, S. K. , Nusbaum, C. , Galagan, J. E. , Birren, B. W. , Ivy, R. A. , Sun, Q. , Graves, L. M. , Swaminathan, B. , and Wiedmann, M. , Short-term genome evolution of Listeria monocytogenes in a non-controlled environment., BMC Genomics, vol. 9, p. 539, 2008.
R. Daniels, Volkman, S. K. , Milner, D. A. , Mahesh, N. , Neafsey, D. E. , Park, D. J. , Rosen, D. , Angelino, E. , Sabeti, P. C. , Wirth, D. F. , and Wiegand, R. C. , A general SNP-based molecular barcode for Plasmodium falciparum identification and tracking., Malar J, vol. 7, p. 223, 2008.
T. C. White, Oliver, B. G. , Gräser, Y. , and Henn, M. R. , Generating and testing molecular hypotheses in the dermatophytes., Eukaryot Cell, vol. 7, no. 8, pp. 1238-45, 2008.
T. Kuntzen, Berical, A. , Ndjomou, J. , Bennett, P. , Schneidewind, A. , Lennon, N. , Birren, B. W. , Kuiken, C. , Henn, M. R. , Simmonds, P. , and Allen, T. M. , A set of reference sequences for the hepatitis C genotypes 4d, 4f, and 4k covering the full open reading frame., J Med Virol, vol. 80, no. 8, pp. 1370-8, 2008.
A. Manson McGuire and Galagan, J. E. , Conserved secondary structures in Aspergillus., PLoS One, vol. 3, no. 7, p. e2812, 2008.
W. Brockman, Alvarez, P. , Young, S. , Garber, M. , Giannoukos, G. , Lee, W. L. , Russ, C. , Lander, E. S. , Nusbaum, C. , and Jaffe, D. B. , Quality scores and SNP detection in sequencing-by-synthesis systems., Genome Res, vol. 18, no. 5, pp. 763-70, 2008.
J. Butler, MacCallum, I. , Kleber, M. , Shlyakhter, I. A. , Belmonte, M. K. , Lander, E. S. , Nusbaum, C. , and Jaffe, D. B. , ALLPATHS: de novo assembly of whole-genome shotgun microreads., Genome Res, vol. 18, no. 5, pp. 810-20, 2008.
K. Mathee, Narasimhan, G. , Valdes, C. , Qiu, X. , Matewish, J. M. , Koehrsen, M. , Rokas, A. , Yandava, C. N. , Engels, R. , Zeng, E. , Olavarietta, R. , Doud, M. , Smith, R. S. , Montgomery, P. , White, J. R. , Godfrey, P. A. , Kodira, C. , Birren, B. , Galagan, J. E. , and Lory, S. , Dynamics of Pseudomonas aeruginosa genome evolution., Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 105, no. 8, pp. 3100-5, 2008.
D. E. Neafsey, Schaffner, S. F. , Volkman, S. K. , Park, D. , Montgomery, P. , Milner, D. A. , Lukens, A. , Rosen, D. , Daniels, R. , Houde, N. , Cortese, J. F. , Tyndall, E. , Gates, C. , Stange-Thomann, N. , Sarr, O. , Ndiaye, D. , Ndir, O. , Mboup, S. , Ferreira, M. U. , Moraes, Sdo Lago, Dash, A. P. , Chitnis, C. E. , Wiegand, R. C. , Hartl, D. L. , Birren, B. W. , Lander, E. S. , Sabeti, P. C. , and Wirth, D. F. , Genome-wide SNP genotyping highlights the role of natural selection in Plasmodium falciparum population divergence., Genome Biol, vol. 9, no. 12, p. R171, 2008.
A. M. McGuire, Pearson, M. D. , Neafsey, D. E. , and Galagan, J. E. , Cross-kingdom patterns of alternative splicing and splice recognition., Genome Biol, vol. 9, no. 3, p. R50, 2008.
N. Fierer, Liu, Z. , Rodríguez-Hernández, M. , Knight, R. , Henn, M. , and Hernandez, M. T. , Short-term temporal variability in airborne bacterial and fungal populations., Appl Environ Microbiol, vol. 74, no. 1, pp. 200-7, 2008.
D. DeCaprio, Vinson, J. P. , Pearson, M. D. , Montgomery, P. , Doherty, M. , and Galagan, J. E. , Conrad: gene prediction using conditional random fields., Genome Res, vol. 17, no. 9, pp. 1389-98, 2007.
S. K. Volkman, Sabeti, P. C. , DeCaprio, D. , Neafsey, D. E. , Schaffner, S. F. , Milner, D. A. , Daily, J. P. , Sarr, O. , Ndiaye, D. , Ndir, O. , Mboup, S. , Duraisingh, M. T. , Lukens, A. , Derr, A. , Stange-Thomann, N. , Waggoner, S. , Onofrio, R. , Ziaugra, L. , Mauceli, E. , Gnerre, S. , Jaffe, D. B. , Zainoun, J. , Wiegand, R. C. , Birren, B. W. , Hartl, D. L. , Galagan, J. E. , Lander, E. S. , and Wirth, D. F. , A genome-wide map of diversity in Plasmodium falciparum., Nat Genet, vol. 39, no. 1, pp. 113-9, 2007.
J. C. Dunlap, Borkovich, K. A. , Henn, M. R. , Turner, G. E. , Sachs, M. S. , Glass, N. L. , McCluskey, K. , Plamann, M. , Galagan, J. E. , Birren, B. W. , Weiss, R. L. , Townsend, J. P. , Loros, J. J. , Park, G. , DeCaprio, D. , Shi, M. , Montgomery, P. , Larson, L. , Pearson, M. , Tian, C. , Baştürkmen, M. , and Xu, J. , Enabling a community to dissect an organism: overview of the Neurospora functional genomics project., Advances in genetics, vol. 57, pp. 49-96, 2007.
W. C. Nierman, Pain, A. , Anderson, M. J. , Wortman, J. R. , H Kim, S. , Arroyo, J. , Berriman, M. , Abe, K. , Archer, D. B. , Bermejo, C. , Bennett, J. , Bowyer, P. , Chen, D. , Collins, M. , Coulsen, R. , Davies, R. , Dyer, P. S. , Farman, M. , Fedorova, N. , Fedorova, N. , Feldblyum, T. V. , Fischer, R. , Fosker, N. , Fraser, A. , García, J. L. , García, M. J. , Goble, A. , Goldman, G. H. , Gomi, K. , Griffith-Jones, S. , Gwilliam, R. , Haas, B. , Haas, H. , Harris, D. , Horiuchi, H. , Huang, J. , Humphray, S. , Jiménez, J. , Keller, N. , Khouri, H. , Kitamoto, K. , Kobayashi, T. , Konzack, S. , Kulkarni, R. , Kumagai, T. , Lafon, A. , Lafton, A. , Latgé, J. - P. , Li, W. , Lord, A. , Lu, C. , Majoros, W. H. , May, G. S. , Miller, B. L. , Mohamoud, Y. , Molina, M. , Monod, M. , Mouyna, I. , Mulligan, S. , Murphy, L. , O'Neil, S. , Paulsen, I. , Peñalva, M. A. , Pertea, M. , Price, C. , Pritchard, B. L. , Quail, M. A. , Rabbinowitsch, E. , Rawlins, N. , Rajandream, M. - A. , Reichard, U. , Renauld, H. , Robson, G. D. , de Córdoba, S. Rodriguez, Rodríguez-Peña, J. M. , Ronning, C. M. , Rutter, S. , Salzberg, S. L. , Sanchez, M. , Sánchez-Ferrero, J. C. , Saunders, D. , Seeger, K. , Squares, R. , Squares, S. , Takeuchi, M. , Tekaia, F. , Turner, G. , de Aldana, C. R. Vazquez, Weidman, J. , White, O. , Woodward, J. , Yu, J. - H. , Fraser, C. , Galagan, J. E. , Asai, K. , Machida, M. , Hall, N. , Barrell, B. , and Denning, D. W. , Genomic sequence of the pathogenic and allergenic filamentous fungus Aspergillus fumigatus., Nature, vol. 438, no. 7071, pp. 1151-6, 2005.
J. E. Galagan, Calvo, S. E. , Cuomo, C. , Ma, L. - J. , Wortman, J. R. , Batzoglou, S. , Lee, S. - I. , Baştürkmen, M. , Spevak, C. C. , Clutterbuck, J. , Kapitonov, V. , Jurka, J. , Scazzocchio, C. , Farman, M. , Butler, J. , Purcell, S. , Harris, S. , Braus, G. H. , Draht, O. , Busch, S. , D'Enfert, C. , Bouchier, C. , Goldman, G. H. , Bell-Pedersen, D. , Griffiths-Jones, S. , Doonan, J. H. , Yu, J. , Vienken, K. , Pain, A. , Freitag, M. , Selker, E. U. , Archer, D. B. , Peñalva, M. A. , Oakley, B. R. , Momany, M. , Tanaka, T. , Kumagai, T. , Asai, K. , Machida, M. , Nierman, W. C. , Denning, D. W. , Caddick, M. , Hynes, M. , Paoletti, M. , Fischer, R. , Miller, B. , Dyer, P. , Sachs, M. S. , Osmani, S. A. , and Birren, B. W. , Sequencing of Aspergillus nidulans and comparative analysis with A. fumigatus and A. oryzae., Nature, vol. 438, no. 7071, pp. 1105-15, 2005.

GSCID funding is provided by the National Institute of Allergy and Infectious Diseases