You are here

GCID

A. M. Early, Daniels, R. F. , Farrell, T. M. , Grimsby, J. , Volkman, S. K. , Wirth, D. F. , MacInnis, B. L. , and Neafsey, D. E. , Detection of low-density Plasmodium falciparum infections using amplicon deep sequencing., Malar J, vol. 18, no. 1, p. 219, 2019.
C. A. Cuomo, Fanning, S. , Gujja, S. , Zeng, Q. , Naglik, J. R. , Filler, S. G. , and Mitchell, A. P. , Genome Sequence for Candida albicans Clinical Oral Isolate 529L., Microbiol Resour Announc, vol. 8, no. 25, 2019.
A. R. Taylor, Jacob, P. E. , Neafsey, D. E. , and Buckee, C. O. , Estimating Relatedness Between Malaria Parasites., Genetics, 2019.
K. Flentie, Harrison, G. A. , Tükenmez, H. , Livny, J. , Good, J. A. D. , Sarkar, S. , Zhu, D. X. , Kinsella, R. L. , Weiss, L. A. , Solomon, S. D. , Schene, M. E. , Hansen, M. R. , Cairns, A. G. , Kulén, M. , Wixe, T. , Lindgren, A. E. G. , Chorell, E. , Bengtsson, C. , K Krishnan, S. , Hultgren, S. J. , Larsson, C. , Almqvist, F. , and Stallings, C. L. , Chemical disarming of isoniazid resistance in ., Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 116, no. 21, pp. 10510-10517, 2019.
K. A. Cohen, Manson, A. L. , Abeel, T. , Desjardins, C. A. , Chapman, S. B. , Hoffner, S. , Birren, B. W. , and Earl, A. M. , Extensive global movement of multidrug-resistant strains revealed by whole-genome analysis., Thorax, 2019.
H. C. Metsky, Siddle, K. J. , Gladden-Young, A. , Qu, J. , Yang, D. K. , Brehio, P. , Goldfarb, A. , Piantadosi, A. , Wohl, S. , Carter, A. , Lin, A. E. , Barnes, K. G. , Tully, D. C. , Corleis, B. , Hennigan, S. , Barbosa-Lima, G. , Vieira, Y. R. , Paul, L. M. , Tan, A. L. , Garcia, K. F. , Parham, L. A. , Odia, I. , Eromon, P. , Folarin, O. A. , Goba, A. , Simon-Loriere, E. , Hensley, L. , Balmaseda, A. , Harris, E. , Kwon, D. S. , Allen, T. M. , Runstadler, J. A. , Smole, S. , Bozza, F. A. , Souza, T. M. L. , Isern, S. , Michael, S. F. , Lorenzana, I. , Gehrke, L. , Bosch, I. , Ebel, G. , Grant, D. S. , Happi, C. T. , Park, D. J. , Gnirke, A. , Sabeti, P. C. , and Matranga, C. B. , Capturing sequence diversity in metagenomes with comprehensive and scalable probe design., Nat Biotechnol, vol. 37, no. 2, pp. 160-168, 2019.
S. Hu Kim, Iyer, K. R. , Pardeshi, L. , Muñoz, J. F. , Robbins, N. , Cuomo, C. A. , Wong, K. Ho, and Cowen, L. E. , Genetic Analysis of Implicates Hsp90 in Morphogenesis and Azole Tolerance and Cdr1 in Azole Resistance., MBio, vol. 10, no. 1, 2019.
A. Piantadosi, Freije, C. A. , Gosmann, C. , Ye, S. , Park, D. , Schaffner, S. F. , Tully, D. C. , Allen, T. M. , Dong, K. L. , Sabeti, P. C. , and Kwon, D. S. , Metagenomic Sequencing of HIV-1 in the Blood and Female Genital Tract Reveals Little Quasispecies Diversity during Acute Infection., J Virol, vol. 93, no. 2, 2019.
K. C. Reddy, Dror, T. , Underwood, R. S. , Osman, G. A. , Elder, C. R. , Desjardins, C. A. , Cuomo, C. A. , Barkoulas, M. , and Troemel, E. R. , Antagonistic paralogs control a switch between growth and pathogen resistance in C. elegans., PLoS Pathog, vol. 15, no. 1, p. e1007528, 2019.
A. Ramaiah, Nayak, S. , Rakshit, S. , Manson, A. L. , Abeel, T. , Shanmugam, S. , Sahoo, P. Nalini, John, A. Jesuraj Ud, Sundaramurthi, J. Chandrabos, Narayanan, S. , D'Souza, G. , von Hoegen, P. , Ottenhoff, T. H. M. , Swaminathan, S. , Earl, A. M. , and Vyakarnam, A. , Evidence for Highly Variable, Region-Specific Patterns of T-Cell Epitope Mutations Accumulating in Strains., Front Immunol, vol. 10, p. 195, 2019.
A. Colubri, Hartley, M. - A. , Siakor, M. , Wolfman, V. , Felix, A. , Sesay, T. , Shaffer, J. G. , Garry, R. F. , Grant, D. S. , Levine, A. C. , and Sabeti, P. C. , Machine-learning Prognostic Models from the 2014-16 Ebola Outbreak: Data-harmonization Challenges, Validation Strategies, and mHealth Applications., EClinicalMedicine, vol. 11, pp. 54-64, 2019.
J. F. Muñoz, Gade, L. , Chow, N. A. , Loparev, V. N. , Juieng, P. , Berkow, E. L. , Farrer, R. A. , Litvintseva, A. P. , and Cuomo, C. A. , Genomic insights into multidrug-resistance, mating and virulence in Candida auris and related emerging species., Nat Commun, vol. 9, no. 1, p. 5346, 2018.
M. D. Spencer, Winglee, K. , Passaretti, C. , Earl, A. M. , Manson, A. L. , Mulder, H. P. , Sautter, R. L. , and Fodor, A. A. , Whole Genome Sequencing detects Inter-Facility Transmission of Carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae., J Infect, 2018.
B. J. Matthews, Dudchenko, O. , Kingan, S. B. , Koren, S. , Antoshechkin, I. , Crawford, J. E. , Glassford, W. J. , Herre, M. , Redmond, S. N. , Rose, N. H. , Weedall, G. D. , Wu, Y. , Batra, S. S. , Brito-Sierra, C. A. , Buckingham, S. D. , Campbell, C. L. , Chan, S. , Cox, E. , Evans, B. R. , Fansiri, T. , Filipović, I. , Fontaine, A. , Gloria-Soria, A. , Hall, R. , Joardar, V. S. , Jones, A. K. , Kay, R. G. G. , Kodali, V. K. , Lee, J. , Lycett, G. J. , Mitchell, S. N. , Muehling, J. , Murphy, M. R. , Omer, A. D. , Partridge, F. A. , Peluso, P. , Aiden, A. Presser, Ramasamy, V. , Rašić, G. , Roy, S. , Saavedra-Rodriguez, K. , Sharan, S. , Sharma, A. , Smith, M. Laird, Turner, J. , Weakley, A. M. , Zhao, Z. , Akbari, O. S. , Black, W. C. , Cao, H. , Darby, A. C. , Hill, C. A. , J Johnston, S. , Murphy, T. D. , Raikhel, A. S. , Sattelle, D. B. , Sharakhov, I. V. , White, B. J. , Zhao, L. , Aiden, E. Lieberman, Mann, R. S. , Lambrechts, L. , Powell, J. R. , Sharakhova, M. V. , Tu, Z. , Robertson, H. M. , McBride, C. S. , Hastie, A. R. , Korlach, J. , Neafsey, D. E. , Phillippy, A. M. , and Vosshall, L. B. , Improved reference genome of Aedes aegypti informs arbovirus vector control., Nature, vol. 563, no. 7732, pp. 501-507, 2018.
C. H. Georgescu, Manson, A. L. , Griggs, A. D. , Desjardins, C. A. , Pironti, A. , Wapinski, I. , Abeel, T. , Haas, B. J. , and Earl, A. M. , SynerClust: a highly scalable, synteny-aware orthologue clustering tool., Microb Genom, vol. 4, no. 11, 2018.
K. J. Siddle, Eromon, P. , Barnes, K. G. , Mehta, S. , Oguzie, J. U. , Odia, I. , Schaffner, S. F. , Winnicki, S. M. , Shah, R. R. , Qu, J. , Wohl, S. , Brehio, P. , Iruolagbe, C. , Aiyepada, J. , Uyigue, E. , Akhilomen, P. , Okonofua, G. , Ye, S. , Kayode, T. , Ajogbasile, F. , Uwanibe, J. , Gaye, A. , Momoh, M. , Chak, B. , Kotliar, D. , Carter, A. , Gladden-Young, A. , Freije, C. A. , Omoregie, O. , Osiemi, B. , Muoebonam, E. B. , Airende, M. , Enigbe, R. , Ebo, B. , Nosamiefan, I. , Oluniyi, P. , Nekoui, M. , Ogbaini-Emovon, E. , Garry, R. F. , Andersen, K. G. , Park, D. J. , Yozwiak, N. L. , Akpede, G. , Ihekweazu, C. , Tomori, O. , Okogbenin, S. , Folarin, O. A. , Okokhere, P. O. , MacInnis, B. L. , Sabeti, P. C. , and Happi, C. T. , Genomic Analysis of Lassa Virus during an Increase in Cases in Nigeria in 2018., N Engl J Med, vol. 379, no. 18, pp. 1745-1753, 2018.
R. A. Farrer, Ford, C. B. , Rhodes, J. , Delorey, T. , May, R. C. , Fisher, M. C. , Cloutman-Green, E. , Balloux, F. , and Cuomo, C. A. , Transcriptional Heterogeneity of VGII Compared with Non-VGII Lineages Underpins Key Pathogenicity Pathways., mSphere, vol. 3, no. 5, 2018.
I. V. Ene, Farrer, R. A. , Hirakawa, M. P. , Agwamba, K. , Cuomo, C. A. , and Bennett, R. J. , Global analysis of mutations driving microevolution of a heterozygous diploid fungal pathogen., Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 115, no. 37, pp. E8688-E8697, 2018.
F. Lebreton, Valentino, M. D. , Schaufler, K. , Earl, A. M. , Cattoir, V. , and Gilmore, M. S. , Transferable vancomycin resistance in clade B commensal-type Enterococcus faecium., J Antimicrob Chemother, vol. 73, no. 6, pp. 1479-1486, 2018.
J. A. Messina, Wolfe, C. R. , Hemmersbach-Miller, M. , Milano, C. , Todd, J. L. , Reynolds, J. , Alexander, B. D. , Schell, W. A. , Cuomo, C. A. , and Perfect, J. R. , Genomic characterization of recurrent mold infections in thoracic transplant recipients., Transpl Infect Dis, p. e12935, 2018.
J. Rhodes, Abdolrasouli, A. , Farrer, R. A. , Cuomo, C. A. , Aanensen, D. M. , Armstrong-James, D. , Fisher, M. C. , and Schelenz, S. , Author Correction: Genomic epidemiology of the UK outbreak of the emerging human fungal pathogen Candida auris., Emerg Microbes Infect, vol. 7, no. 1, p. 104, 2018.
G. P. Donaldson, Ladinsky, M. S. , Yu, K. B. , Sanders, J. G. , Yoo, B. B. , Chou, W. - C. , Conner, M. E. , Earl, A. M. , Knight, R. , Bjorkman, P. J. , and Mazmanian, S. K. , Gut microbiota utilize immunoglobulin A for mucosal colonization., Science, vol. 360, no. 6390, pp. 795-800, 2018.
S. F. Schaffner, Taylor, A. R. , Wong, W. , Wirth, D. F. , and Neafsey, D. E. , hmmIBD: software to infer pairwise identity by descent between haploid genotypes., Malar J, vol. 17, no. 1, p. 196, 2018.
S. F. Schaffner, Taylor, A. R. , Wong, W. , Wirth, D. F. , and Neafsey, D. E. , hmmIBD: software to infer pairwise identity by descent between haploid genotypes., Malar J, vol. 17, no. 1, p. 196, 2018.
B. Hommel, Mukaremera, L. , Cordero, R. J. B. , Coelho, C. , Desjardins, C. A. , Sturny-Leclère, A. , Janbon, G. , Perfect, J. R. , Fraser, J. A. , Casadevall, A. , Cuomo, C. A. , Dromer, F. , Nielsen, K. , and Alanio, A. , Titan cells formation in Cryptococcus neoformans is finely tuned by environmental conditions and modulated by positive and negative genetic regulators., PLoS Pathog, vol. 14, no. 5, p. e1006982, 2018.
C. Myhrvold, Freije, C. A. , Gootenberg, J. S. , Abudayyeh, O. O. , Metsky, H. C. , Durbin, A. F. , Kellner, M. J. , Tan, A. L. , Paul, L. M. , Parham, L. A. , Garcia, K. F. , Barnes, K. G. , Chak, B. , Mondini, A. , Nogueira, M. L. , Isern, S. , Michael, S. F. , Lorenzana, I. , Yozwiak, N. L. , MacInnis, B. L. , Bosch, I. , Gehrke, L. , Zhang, F. , and Sabeti, P. C. , Field-deployable viral diagnostics using CRISPR-Cas13., Science, vol. 360, no. 6387, pp. 444-448, 2018.
A. M. Early, Lievens, M. , MacInnis, B. L. , Ockenhouse, C. F. , Volkman, S. K. , Adjei, S. , Agbenyega, T. , Ansong, D. , Gondi, S. , Greenwood, B. , Hamel, M. , Odero, C. , Otieno, K. , Otieno, W. , Owusu-Agyei, S. , Asante, K. Poku, Sorgho, H. , Tina, L. , Tinto, H. , Valea, I. , Wirth, D. F. , and Neafsey, D. E. , Host-mediated selection impacts the diversity of Plasmodium falciparum antigens within infections., Nat Commun, vol. 9, no. 1, p. 1381, 2018.
J. Rhodes, Abdolrasouli, A. , Farrer, R. A. , Cuomo, C. A. , Aanensen, D. M. , Armstrong-James, D. , Fisher, M. C. , and Schelenz, S. , Genomic epidemiology of the UK outbreak of the emerging human fungal pathogen Candida auris., Emerg Microbes Infect, vol. 7, no. 1, p. 43, 2018.
V. Yadav, Sun, S. , R Billmyre, B. , Thimmappa, B. C. , Shea, T. , Lintner, R. , Bakkeren, G. , Cuomo, C. A. , Heitman, J. , and Sanyal, K. , RNAi is a critical determinant of centromere evolution in closely related fungi., Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 115, no. 12, pp. 3108-3113, 2018.
W. Zhang, Lun, S. , Wang, S. - H. , Jiang, X. - W. , Yang, F. , Tang, J. , Manson, A. L. , Earl, A. M. , Gunosewoyo, H. , Bishai, W. R. , and Yu, L. - F. , Identification of Novel Coumestan Derivatives as Polyketide Synthase 13 Inhibitors against Mycobacterium tuberculosis., J Med Chem, vol. 61, no. 3, pp. 791-803, 2018.
A. L. Manson, Abeel, T. , Galagan, J. , Sundaramurthi, J. Chandrabos, Shanmugam, S. Kumar, Palaniyandi, K. , Narayanan, S. , Swaminathan, S. , and Earl, A. M. , Reply to Lee and Howden., Clin Infect Dis, vol. 66, no. 1, pp. 160-161, 2018.
C. A. Cuomo, Rhodes, J. , and Desjardins, C. A. , Advances in Cryptococcus genomics: insights into the evolution of pathogenesis., Mem Inst Oswaldo Cruz, vol. 113, no. 7, p. e170473, 2018.
N. M. B. Brancucci, De Niz, M. , Straub, T. J. , Ravel, D. , Sollelis, L. , Birren, B. W. , Voss, T. S. , Neafsey, D. E. , and Marti, M. , Probing sexual commitment at the single-cell level., Wellcome Open Res, vol. 3, p. 70, 2018.
A. R. Taylor, Schaffner, S. F. , Cerqueira, G. C. , Nkhoma, S. C. , Anderson, T. J. C. , Sriprawat, K. , Phyo, A. Pyae, Nosten, F. , Neafsey, D. E. , and Buckee, C. O. , Quantifying connectivity between local Plasmodium falciparum malaria parasite populations using identity by descent., PLoS Genet, vol. 13, no. 10, p. e1007065, 2017.
C. A. Cuomo, Shea, T. , Yang, B. , Rao, R. , and Forche, A. , Whole Genome Sequence of the Heterozygous Clinical Isolate 81-B-5., G3 (Bethesda), vol. 7, no. 9, pp. 2883-2889, 2017.
J. Rhodes, Desjardins, C. A. , Sykes, S. M. , Beale, M. A. , Vanhove, M. , Sakthikumar, S. , Chen, Y. , Gujja, S. , Saif, S. , Chowdhary, A. , Lawson, D. John, Ponzio, V. , Colombo, A. Lopes, Meyer, W. , Engelthaler, D. M. , Hagen, F. , Illnait-Zaragozi, M. Teresa, Alanio, A. , Vreulink, J. - M. , Heitman, J. , Perfect, J. R. , Litvintseva, A. P. , Bicanic, T. , Harrison, T. S. , Fisher, M. C. , and Cuomo, C. A. , Tracing Genetic Exchange and Biogeography of var. at the Global Population Level., Genetics, vol. 207, no. 1, pp. 327-346, 2017.
C. A. Desjardins, Giamberardino, C. , Sykes, S. M. , Yu, C. - H. , Tenor, J. L. , Chen, Y. , Yang, T. , Jones, A. M. , Sun, S. , Haverkamp, M. R. , Heitman, J. , Litvintseva, A. P. , Perfect, J. R. , and Cuomo, C. A. , Population genomics and the evolution of virulence in the fungal pathogen ., Genome Res, vol. 27, no. 7, pp. 1207-1219, 2017.
H. C. Metsky, Matranga, C. B. , Wohl, S. , Schaffner, S. F. , Freije, C. A. , Winnicki, S. M. , West, K. , Qu, J. , Baniecki, M. Lynn, Gladden-Young, A. , Lin, A. E. , Tomkins-Tinch, C. H. , Ye, S. H. , Park, D. J. , Luo, C. Y. , Barnes, K. G. , Shah, R. R. , Chak, B. , Barbosa-Lima, G. , Delatorre, E. , Vieira, Y. R. , Paul, L. M. , Tan, A. L. , Barcellona, C. M. , Porcelli, M. C. , Vasquez, C. , Cannons, A. C. , Cone, M. R. , Hogan, K. N. , Kopp, E. W. , Anzinger, J. J. , Garcia, K. F. , Parham, L. A. , Ramírez, R. M. Gélvez, Montoya, M. C. Miranda, Rojas, D. P. , Brown, C. M. , Hennigan, S. , Sabina, B. , Scotland, S. , Gangavarapu, K. , Grubaugh, N. D. , Oliveira, G. , Robles-Sikisaka, R. , Rambaut, A. , Gehrke, L. , Smole, S. , M Halloran, E. , Villar, L. , Mattar, S. , Lorenzana, I. , Cerbino-Neto, J. , Valim, C. , Degrave, W. , Bozza, P. T. , Gnirke, A. , Andersen, K. G. , Isern, S. , Michael, S. F. , Bozza, F. A. , Souza, T. M. L. , Bosch, I. , Yozwiak, N. L. , MacInnis, B. L. , and Sabeti, P. C. , Zika virus evolution and spread in the Americas., Nature, vol. 546, no. 7658, pp. 411-415, 2017.
A. L. Manson, Abeel, T. , Galagan, J. E. , Sundaramurthi, J. Chandrabos, Salazar, A. , Gehrmann, T. , Shanmugam, S. Kumar, Palaniyandi, K. , Narayanan, S. , Swaminathan, S. , and Earl, A. M. , Mycobacterium tuberculosis Whole Genome Sequences From Southern India Suggest Novel Resistance Mechanisms and the Need for Region-Specific Diagnostics., Clin Infect Dis, vol. 64, no. 11, pp. 1494-1501, 2017.
F. Lebreton, Manson, A. L. , Saavedra, J. T. , Straub, T. J. , Earl, A. M. , and Gilmore, M. S. , Tracing the Enterococci from Paleozoic Origins to the Hospital., Cell, vol. 169, no. 5, pp. 849-861.e13, 2017.
J. R. Duvall, Bedard, L. , Naylor-Olsen, A. M. , Manson, A. L. , Bittker, J. A. , Sun, W. , Fitzgerald, M. E. , He, Z. , Lee, M. D. , Marie, J. - C. , Muncipinto, G. , Rush, D. , Xu, D. , Xu, H. , Zhang, M. , Earl, A. M. , Palmer, M. A. , Foley, M. A. , Vacca, J. P. , and Scherer, C. A. , Identification of Highly Specific Diversity-Oriented Synthesis-Derived Inhibitors of Clostridium difficile., ACS Infect Dis, vol. 3, no. 5, pp. 349-359, 2017.
K. Dukik, Muñoz, J. F. , Jiang, Y. , Feng, P. , Sigler, L. , J Stielow, B. , Freeke, J. , Jamalian, A. , van den Ende, B. Gerrits, McEwen, J. G. , Clay, O. K. , Schwartz, I. S. , Govender, N. P. , Maphanga, T. G. , Cuomo, C. A. , Moreno, L. F. , Kenyon, C. , Borman, A. M. , and de Hoog, S. , Novel taxa of thermally dimorphic systemic pathogens in the Ajellomycetaceae (Onygenales)., Mycoses, vol. 60, no. 5, pp. 296-309, 2017.
G. C. Cerqueira, Cheeseman, I. H. , Schaffner, S. F. , Nair, S. , McDew-White, M. , Phyo, A. Pyae, Ashley, E. A. , Melnikov, A. , Rogov, P. , Birren, B. W. , Nosten, F. , Anderson, T. J. C. , and Neafsey, D. E. , Longitudinal genomic surveillance of Plasmodium falciparum malaria parasites reveals complex genomic architecture of emerging artemisinin resistance., Genome Biol, vol. 18, no. 1, p. 78, 2017.
G. Dudas, Carvalho, L. Max, Bedford, T. , Tatem, A. J. , Baele, G. , Faria, N. R. , Park, D. J. , Ladner, J. T. , Arias, A. , Asogun, D. , Bielejec, F. , Caddy, S. L. , Cotten, M. , D'Ambrozio, J. , Dellicour, S. , Di Caro, A. , Diclaro, J. W. , Duraffour, S. , Elmore, M. J. , Fakoli, L. S. , Faye, O. , Gilbert, M. L. , Gevao, S. M. , Gire, S. , Gladden-Young, A. , Gnirke, A. , Goba, A. , Grant, D. S. , Haagmans, B. L. , Hiscox, J. A. , Jah, U. , Kugelman, J. R. , Liu, D. , Lu, J. , Malboeuf, C. M. , Mate, S. , Matthews, D. A. , Matranga, C. B. , Meredith, L. W. , Qu, J. , Quick, J. , Pas, S. D. , Phan, M. V. T. , Pollakis, G. , Reusken, C. B. , Sanchez-Lockhart, M. , Schaffner, S. F. , Schieffelin, J. S. , Sealfon, R. S. , Simon-Loriere, E. , Smits, S. L. , Stoecker, K. , Thorne, L. , Tobin, E. Alice, Vandi, M. A. , Watson, S. J. , West, K. , Whitmer, S. , Wiley, M. R. , Winnicki, S. M. , Wohl, S. , Wölfel, R. , Yozwiak, N. L. , Andersen, K. G. , Blyden, S. O. , Bolay, F. , Carroll, M. W. , Dahn, B. , Diallo, B. , Formenty, P. , Fraser, C. , Gao, G. F. , Garry, R. F. , Goodfellow, I. , Günther, S. , Happi, C. T. , Holmes, E. C. , Kargbo, B. , Keita, S. , Kellam, P. , Koopmans, M. P. G. , Kuhn, J. H. , Loman, N. J. , Magassouba, N. 'F. , Naidoo, D. , Nichol, S. T. , Nyenswah, T. , Palacios, G. , Pybus, O. G. , Sabeti, P. C. , Sall, A. , Ströher, U. , Wurie, I. , Suchard, M. A. , Lemey, P. , and Rambaut, A. , Virus genomes reveal factors that spread and sustained the Ebola epidemic., Nature, vol. 544, no. 7650, pp. 309-315, 2017.
H. L. Schreiber, Conover, M. S. , Chou, W. - C. , Hibbing, M. E. , Manson, A. L. , Dodson, K. W. , Hannan, T. J. , Roberts, P. L. , Stapleton, A. E. , Hooton, T. M. , Livny, J. , Earl, A. M. , and Hultgren, S. J. , Bacterial virulence phenotypes of Escherichia coli and host susceptibility determine risk for urinary tract infections., Sci Transl Med, vol. 9, no. 382, 2017.
Y. Chen, Farrer, R. A. , Giamberardino, C. , Sakthikumar, S. , Jones, A. , Yang, T. , Tenor, J. L. , Wagih, O. , Van Wyk, M. , Govender, N. P. , Mitchell, T. G. , Litvintseva, A. P. , Cuomo, C. A. , and Perfect, J. R. , Microevolution of Serial Clinical Isolates of Cryptococcus neoformans var. grubii and C. gattii., MBio, vol. 8, no. 2, 2017.
A. L. Manson, Cohen, K. A. , Abeel, T. , Desjardins, C. A. , Armstrong, D. T. , Barry, C. E. , Brand, J. , Chapman, S. B. , Cho, S. - N. , Gabrielian, A. , Gomez, J. , Jodals, A. M. , Joloba, M. , Jureen, P. , Lee, J. Seok, Malinga, L. , Maiga, M. , Nordenberg, D. , Noroc, E. , Romancenco, E. , Salazar, A. , Ssengooba, W. , Velayati, A. A. , Winglee, K. , Zalutskaya, A. , Via, L. E. , Cassell, G. H. , Dorman, S. E. , Ellner, J. , Farnia, P. , Galagan, J. E. , Rosenthal, A. , Crudu, V. , Homorodean, D. , Hsueh, P. - R. , Narayanan, S. , Pym, A. S. , Skrahina, A. , Swaminathan, S. , Van der Walt, M. , Alland, D. , Bishai, W. R. , Cohen, T. , Hoffner, S. , Birren, B. W. , and Earl, A. M. , Genomic analysis of globally diverse Mycobacterium tuberculosis strains provides insights into the emergence and spread of multidrug resistance., Nat Genet, vol. 49, no. 3, pp. 395-402, 2017.
D. Tamayo, Muñoz, J. F. , Almeida, A. J. , Puerta, J. D. , Restrepo, Á. , Cuomo, C. A. , McEwen, J. G. , and Hernández, O. , Paracoccidioides spp. catalases and their role in antioxidant defense against host defense responses., Fungal Genet Biol, vol. 100, pp. 22-32, 2017.
K. R. Wollenberg, Desjardins, C. A. , Zalutskaya, A. , Slodovnikova, V. , Oler, A. J. , Quiñones, M. , Abeel, T. , Chapman, S. B. , Tartakovsky, M. , Gabrielian, A. , Hoffner, S. , Skrahin, A. , Birren, B. W. , Rosenthal, A. , Skrahina, A. , and Earl, A. M. , Whole-Genome Sequencing of Mycobacterium tuberculosis Provides Insight into the Evolution and Genetic Composition of Drug-Resistant Tuberculosis in Belarus., J Clin Microbiol, vol. 55, no. 2, pp. 457-469, 2017.
L. Issi, Farrer, R. A. , Pastor, K. , Landry, B. , Delorey, T. , Bell, G. W. , Thompson, D. A. , Cuomo, C. A. , and Rao, R. P. , Zinc Cluster Transcription Factors Alter Virulence in Candida albicans., Genetics, vol. 205, no. 2, pp. 559-576, 2017.
G. C. Cerqueira, Earl, A. M. , Ernst, C. M. , Grad, Y. H. , Dekker, J. P. , Feldgarden, M. , Chapman, S. B. , Reis-Cunha, J. L. , Shea, T. P. , Young, S. , Zeng, Q. , Delaney, M. L. , Kim, D. , Peterson, E. M. , O'Brien, T. F. , Ferraro, M. Jane, Hooper, D. C. , Huang, S. S. , Kirby, J. E. , Onderdonk, A. B. , Birren, B. W. , Hung, D. T. , Cosimi, L. A. , Wortman, J. R. , Murphy, C. I. , and Hanage, W. P. , Multi-institute analysis of carbapenem resistance reveals remarkable diversity, unexplained mechanisms, and limited clonal outbreaks., Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 114, no. 5, pp. 1135-1140, 2017.
S. R. Lockhart, Etienne, K. A. , Vallabhaneni, S. , Farooqi, J. , Chowdhary, A. , Govender, N. P. , Colombo, A. Lopes, Calvo, B. , Cuomo, C. A. , Desjardins, C. A. , Berkow, E. L. , Castanheira, M. , Magobo, R. E. , Jabeen, K. , Asghar, R. J. , Meis, J. F. , Jackson, B. , Chiller, T. , and Litvintseva, A. P. , Simultaneous Emergence of Multidrug-Resistant Candida auris on 3 Continents Confirmed by Whole-Genome Sequencing and Epidemiological Analyses., Clin Infect Dis, vol. 64, no. 2, pp. 134-140, 2017.
R. A. Farrer, Voelz, K. , Henk, D. A. , Johnston, S. A. , Fisher, M. C. , May, R. C. , and Cuomo, C. A. , Microevolutionary traits and comparative population genomics of the emerging pathogenic fungus Cryptococcus gattii., Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci, vol. 371, no. 1709, 2016.
W. E. Diehl, Lin, A. E. , Grubaugh, N. D. , Carvalho, L. Max, Kim, K. , Kyawe, P. Phyo, McCauley, S. M. , Donnard, E. , Kucukural, A. , McDonel, P. , Schaffner, S. F. , Garber, M. , Rambaut, A. , Andersen, K. G. , Sabeti, P. C. , and Luban, J. , Ebola Virus Glycoprotein with Increased Infectivity Dominated the 2013-2016 Epidemic., Cell, vol. 167, no. 4, pp. 1088-1098.e6, 2016.
D. Zhang, Gomez, J. E. , Chien, J. - Y. , Haseley, N. , Desjardins, C. A. , Earl, A. M. , Hsueh, P. - R. , and Hung, D. T. , Genomic Analysis of the Evolution of Fluoroquinolone Resistance in Mycobacterium tuberculosis Prior to Tuberculosis Diagnosis., Antimicrob Agents Chemother, vol. 60, no. 11, pp. 6600-6608, 2016.
V. P. O'Brien, Hannan, T. J. , Yu, L. , Livny, J. , Roberson, E. D. O. , Schwartz, D. J. , Souza, S. , Mendelsohn, C. L. , Colonna, M. , Lewis, A. L. , and Hultgren, S. J. , A mucosal imprint left by prior Escherichia coli bladder infection sensitizes to recurrent disease., Nat Microbiol, vol. 2, p. 16196, 2016.
M. Z. Anderson, Porman, A. M. , Wang, N. , Mancera, E. , Huang, D. , Cuomo, C. A. , and Bennett, R. J. , A Multistate Toggle Switch Defines Fungal Cell Fates and Is Regulated by Synergistic Genetic Cues., PLoS Genet, vol. 12, no. 10, p. e1006353, 2016.
I. S. Caballero, Honko, A. N. , Gire, S. K. , Winnicki, S. M. , Melé, M. , Gerhardinger, C. , Lin, A. E. , Rinn, J. L. , Sabeti, P. C. , Hensley, L. E. , and Connor, J. H. , In vivo Ebola virus infection leads to a strong innate response in circulating immune cells., BMC Genomics, vol. 17, p. 707, 2016.
M. Maiga, Cohen, K. , Baya, B. , Srikrishna, G. , Siddiqui, S. , Sanogo, M. , Somboro, A. M. , Diarra, B. , Diallo, M. H. , Mazumdar, V. , Yoder, C. , Orsega, S. , Belson, M. , Kassambara, H. , Goita, D. , Murphy, R. L. , Dao, S. , Polis, M. , Diallo, S. , Timmins, G. S. , Dodd, L. , Earl, A. M. , and Bishai, W. R. , Stool microbiome reveals diverse bacterial ureases as confounders of oral urea breath testing for Helicobacter pylori and Mycobacterium tuberculosis in Bamako, Mali., J Breath Res, vol. 10, no. 3, p. 036012, 2016.
J. Abed, Emgård, J. E. M. , Zamir, G. , Faroja, M. , Almogy, G. , Grenov, A. , Sol, A. , Naor, R. , Pikarsky, E. , Atlan, K. A. , Mellul, A. , Chaushu, S. , Manson, A. L. , Earl, A. M. , Ou, N. , Brennan, C. A. , Garrett, W. S. , and Bachrach, G. , Fap2 Mediates Fusobacterium nucleatum Colorectal Adenocarcinoma Enrichment by Binding to Tumor-Expressed Gal-GalNAc., Cell Host Microbe, vol. 20, no. 2, pp. 215-25, 2016.
D. N. Hupalo, Luo, Z. , Melnikov, A. , Sutton, P. L. , Rogov, P. , Escalante, A. , Vallejo, A. F. , Herrera, S. , Arevalo-Herrera, M. , Fan, Q. , Wang, Y. , Cui, L. , Lucas, C. M. , Durand, S. , Sanchez, J. F. , G Baldeviano, C. , Lescano, A. G. , Laman, M. , Barnadas, C. , Barry, A. , Mueller, I. , Kazura, J. W. , Eapen, A. , Kanagaraj, D. , Valecha, N. , Ferreira, M. U. , Roobsoong, W. , Nguitragool, W. , Sattabonkot, J. , Gamboa, D. , Kosek, M. , Vinetz, J. M. , González-Cerón, L. , Birren, B. W. , Neafsey, D. E. , and Carlton, J. M. , Population genomics studies identify signatures of global dispersal and drug resistance in Plasmodium vivax., Nat Genet, vol. 48, no. 8, pp. 953-8, 2016.
A. Goba, S Khan, H. , Fonnie, M. , Fullah, M. , Moigboi, A. , Kovoma, A. , Sinnah, V. , Yoko, N. , Rogers, H. , Safai, S. , Momoh, M. , Koroma, V. , Kamara, F. K. , Konowu, E. , Yillah, M. , French, I. , Mustapha, I. , Kanneh, F. , Foday, M. , McCarthy, H. , Kallon, T. , Kallon, M. , Naiebu, J. , Sellu, J. , Jalloh, A. A. , Gbakie, M. , Kanneh, L. , Massaly, J. L. B. , Kargbo, D. , Kargbo, B. , Vandi, M. , Gbetuwa, M. , Gevao, S. M. , Sandi, J. D. , Jalloh, S. C. , Grant, D. S. , Blyden, S. O. , Crozier, I. , Schieffelin, J. S. , McLellan, S. L. , Jacob, S. T. , Boisen, M. L. , Hartnett, J. N. , Cross, R. W. , Branco, L. M. , Andersen, K. G. , Yozwiak, N. L. , Gire, S. K. , Tariyal, R. , Park, D. J. , Haislip, A. M. , Bishop, C. M. , Melnik, L. I. , Gallaher, W. R. , Wimley, W. C. , He, J. , Shaffer, J. G. , Sullivan, B. M. , Grillo, S. , Oman, S. , Garry, C. E. , Edwards, D. R. , McCormick, S. J. , Elliott, D. H. , Rouelle, J. A. , Kannadka, C. B. , Reyna, A. A. , Bradley, B. T. , Yu, H. , Yenni, R. E. , Hastie, K. M. , Geisbert, J. B. , Kulakosky, P. C. , Wilson, R. B. , Oldstone, M. B. A. , Pitts, K. R. , Henderson, L. A. , Robinson, J. E. , Geisbert, T. W. , Saphire, E. Ollmann, Happi, C. T. , Asogun, D. A. , Sabeti, P. C. , and Garry, R. F. , An Outbreak of Ebola Virus Disease in the Lassa Fever Zone., J Infect Dis, 2016.
O. A. Folarin, Ehichioya, D. , Schaffner, S. F. , Winnicki, S. M. , Wohl, S. , Eromon, P. , West, K. L. , Gladden-Young, A. , Oyejide, N. E. , Matranga, C. B. , Deme, A. Bineta, James, A. , Tomkins-Tinch, C. , Onyewurunwa, K. , Ladner, J. T. , Palacios, G. , Nosamiefan, I. , Andersen, K. G. , Omilabu, S. , Park, D. J. , Yozwiak, N. L. , Nasidi, A. , Garry, R. F. , Tomori, O. , Sabeti, P. C. , and Happi, C. T. , Ebola Virus Epidemiology and Evolution in Nigeria., J Infect Dis, 2016.
C. B. Matranga, Gladden-Young, A. , Qu, J. , Winnicki, S. , Nosamiefan, D. , Levin, J. Z. , and Sabeti, P. C. , Unbiased Deep Sequencing of RNA Viruses from Clinical Samples., J Vis Exp, no. 113, 2016.
N. L. Yozwiak, Happi, C. T. , Grant, D. S. , Schieffelin, J. S. , Garry, R. F. , Sabeti, P. C. , and Andersen, K. G. , Roots, Not Parachutes: Research Collaborations Combat Outbreaks., Cell, vol. 166, no. 1, pp. 5-8, 2016.
S. Schmidt Grant, Wellington, S. , Kawate, T. , Desjardins, C. A. , Silvis, M. R. , Wivagg, C. , Thompson, M. , Gordon, K. , Kazyanskaya, E. , Nietupski, R. , Haseley, N. , Iwase, N. , Earl, A. M. , Fitzgerald, M. , and Hung, D. T. , Baeyer-Villiger Monooxygenases EthA and MymA Are Required for Activation of Replicating and Non-replicating Mycobacterium tuberculosis Inhibitors., Cell Chem Biol, vol. 23, no. 6, pp. 666-77, 2016.
R. Tewhey, Kotliar, D. , Park, D. S. , Liu, B. , Winnicki, S. , Reilly, S. K. , Andersen, K. G. , Mikkelsen, T. S. , Lander, E. S. , Schaffner, S. F. , and Sabeti, P. C. , Direct Identification of Hundreds of Expression-Modulating Variants using a Multiplexed Reporter Assay., Cell, vol. 165, no. 6, pp. 1519-29, 2016.
C. A. Desjardins, Cohen, K. A. , Munsamy, V. , Abeel, T. , Maharaj, K. , Walker, B. J. , Shea, T. P. , Almeida, D. V. , Manson, A. L. , Salazar, A. , Padayatchi, N. , O'Donnell, M. R. , Mlisana, K. P. , Wortman, J. , Birren, B. W. , Grosset, J. , Earl, A. M. , and Pym, A. S. , Genomic and functional analyses of Mycobacterium tuberculosis strains implicate ald in D-cycloserine resistance., Nat Genet, vol. 48, no. 5, pp. 544-51, 2016.
L. A. Malinga, Abeel, T. , Desjardins, C. A. , Dlamini, T. C. , Cassell, G. , Chapman, S. B. , Birren, B. W. , Earl, A. M. , and Van der Walt, M. , Draft Genome Sequences of Two Extensively Drug-Resistant Strains of Mycobacterium tuberculosis Belonging to the Euro-American S Lineage., Genome Announc, vol. 4, no. 2, 2016.
A. Akbar Velayati, Abeel, T. , Shea, T. , Zhavnerko, G. Konstantin, Birren, B. , Cassell, G. H. , Earl, A. M. , Hoffner, S. , and Farnia, P. , Populations of latent Mycobacterium tuberculosis lack a cell wall: Isolation, visualization, and whole-genome characterization., Int J Mycobacteriol, vol. 5, no. 1, pp. 66-73, 2016.
R. C. Colgrove, Liu, X. , Griffiths, A. , Raja, P. , Deluca, N. A. , Newman, R. M. , Coen, D. M. , and Knipe, D. M. , History and genomic sequence analysis of the herpes simplex virus 1 KOS and KOS1.1 sub-strains., Virology, vol. 487, pp. 215-21, 2016.
K. Winglee, McGuire, A. Manson, Maiga, M. , Abeel, T. , Shea, T. , Desjardins, C. A. , Diarra, B. , Baya, B. , Sanogo, M. , Diallo, S. , Earl, A. M. , and Bishai, W. R. , Whole Genome Sequencing of Mycobacterium africanum Strains from Mali Provides Insights into the Mechanisms of Geographic Restriction., PLoS Negl Trop Dis, vol. 10, no. 1, p. e0004332, 2016.
J. F. Muñoz, Farrer, R. A. , Desjardins, C. A. , Gallo, J. E. , Sykes, S. , Sakthikumar, S. , Misas, E. , Whiston, E. A. , Bagagli, E. , Soares, C. M. A. , Teixeira, Mde M. , Taylor, J. W. , Clay, O. K. , McEwen, J. G. , and Cuomo, C. A. , Genome Diversity, Recombination, and Virulence across the Major Lineages of Paracoccidioides., mSphere, vol. 1, no. 5, 2016.
D. E. Neafsey, Juraska, M. , Bedford, T. , Benkeser, D. , Valim, C. , Griggs, A. , Lievens, M. , Abdulla, S. , Adjei, S. , Agbenyega, T. , Agnandji, S. T. , Aide, P. , Anderson, S. , Ansong, D. , Aponte, J. J. , Asante, K. Poku, Bejon, P. , Birkett, A. J. , Bruls, M. , Connolly, K. M. , D'Alessandro, U. , Dobaño, C. , Gesase, S. , Greenwood, B. , Grimsby, J. , Tinto, H. , Hamel, M. J. , Hoffman, I. , Kamthunzi, P. , Kariuki, S. , Kremsner, P. G. , Leach, A. , Lell, B. , Lennon, N. J. , Lusingu, J. , Marsh, K. , Martinson, F. , Molel, J. T. , Moss, E. L. , Njuguna, P. , Ockenhouse, C. F. , Ogutu, B. Ragama, Otieno, W. , Otieno, L. , Otieno, K. , Owusu-Agyei, S. , Park, D. J. , Pellé, K. , Robbins, D. , Russ, C. , Ryan, E. M. , Sacarlal, J. , Sogoloff, B. , Sorgho, H. , Tanner, M. , Theander, T. , Valea, I. , Volkman, S. K. , Yu, Q. , Lapierre, D. , Birren, B. W. , Gilbert, P. B. , and Wirth, D. F. , Genetic Diversity and Protective Efficacy of the RTS,S/AS01 Malaria Vaccine., N Engl J Med, vol. 373, no. 21, pp. 2025-37, 2015.
N. K. Duggal, Reisen, W. K. , Fang, Y. , Newman, R. M. , Yang, X. , Ebel, G. D. , and Brault, A. C. , Genotype-specific variation in West Nile virus dispersal in California., Virology, vol. 485, pp. 79-85, 2015.
F. Di Giallonardo, Geoghegan, J. L. , Docherty, D. E. , McLean, R. G. , Zody, M. C. , Qu, J. , Yang, X. , Birren, B. W. , Malboeuf, C. M. , Newman, R. M. , Ip, H. S. , and Holmes, E. C. , Fluid Spatial Dynamics of West Nile Virus in the United States: Rapid Spread in a Permissive Host Environment., J Virol, vol. 90, no. 2, pp. 862-72, 2015.
J. F. Muñoz, Gauthier, G. M. , Desjardins, C. A. , Gallo, J. E. , Holder, J. , Sullivan, T. D. , Marty, A. J. , Carmen, J. C. , Chen, Z. , Ding, L. , Gujja, S. , Magrini, V. , Misas, E. , Mitreva, M. , Priest, M. , Saif, S. , Whiston, E. A. , Young, S. , Zeng, Q. , Goldman, W. E. , Mardis, E. R. , Taylor, J. W. , McEwen, J. G. , Clay, O. K. , Klein, B. S. , and Cuomo, C. A. , The Dynamic Genome and Transcriptome of the Human Fungal Pathogen Blastomyces and Close Relative Emmonsia., PLoS Genet, vol. 11, no. 10, p. e1005493, 2015.
L. H. Okagaki, Nunes, C. C. , Sailsbery, J. , Clay, B. , Brown, D. , John, T. , Oh, Y. , Young, N. , Fitzgerald, M. , Haas, B. J. , Zeng, Q. , Young, S. , Adiconis, X. , Fan, L. , Levin, J. Z. , Mitchell, T. K. , Okubara, P. A. , Farman, M. L. , Kohn, L. M. , Birren, B. , Ma, L. - J. , and Dean, R. A. , Genome Sequences of Three Phytopathogenic Species of the Magnaporthaceae Family of Fungi., G3 (Bethesda), vol. 5, no. 12, pp. 2539-45, 2015.
K. A. Cohen, Abeel, T. , McGuire, A. Manson, Desjardins, C. A. , Munsamy, V. , Shea, T. P. , Walker, B. J. , Bantubani, N. , Almeida, D. V. , Alvarado, L. , Chapman, S. B. , Mvelase, N. R. , Duffy, E. Y. , FitzGerald, M. G. , Govender, P. , Gujja, S. , Hamilton, S. , Howarth, C. , Larimer, J. D. , Maharaj, K. , Pearson, M. D. , Priest, M. E. , Zeng, Q. , Padayatchi, N. , Grosset, J. , Young, S. K. , Wortman, J. , Mlisana, K. P. , O'Donnell, M. R. , Birren, B. W. , Bishai, W. R. , Pym, A. S. , and Earl, A. M. , Evolution of Extensively Drug-Resistant Tuberculosis over Four Decades: Whole Genome Sequencing and Dating Analysis of Mycobacterium tuberculosis Isolates from KwaZulu-Natal., PLoS Med, vol. 12, no. 9, p. e1001880, 2015.
K. G. Andersen, B Shapiro, J. , Matranga, C. B. , Sealfon, R. , Lin, A. E. , Moses, L. M. , Folarin, O. A. , Goba, A. , Odia, I. , Ehiane, P. E. , Momoh, M. , England, E. M. , Winnicki, S. , Branco, L. M. , Gire, S. K. , Phelan, E. , Tariyal, R. , Tewhey, R. , Omoniwa, O. , Fullah, M. , Fonnie, R. , Fonnie, M. , Kanneh, L. , Jalloh, S. , Gbakie, M. , Saffa, S. , Karbo, K. , Gladden, A. D. , Qu, J. , Stremlau, M. , Nekoui, M. , Finucane, H. K. , Tabrizi, S. , Vitti, J. J. , Birren, B. , Fitzgerald, M. , McCowan, C. , Ireland, A. , Berlin, A. M. , Bochicchio, J. , Tazon-Vega, B. , Lennon, N. J. , Ryan, E. M. , Bjornson, Z. , Milner, D. A. , Lukens, A. K. , Broodie, N. , Rowland, M. , Heinrich, M. , Akdag, M. , Schieffelin, J. S. , Levy, D. , Akpan, H. , Bausch, D. G. , Rubins, K. , McCormick, J. B. , Lander, E. S. , Günther, S. , Hensley, L. , Okogbenin, S. , Schaffner, S. F. , Okokhere, P. O. , S Khan, H. , Grant, D. S. , Akpede, G. O. , Asogun, D. A. , Gnirke, A. , Levin, J. Z. , Happi, C. T. , Garry, R. F. , and Sabeti, P. C. , Clinical Sequencing Uncovers Origins and Evolution of Lassa Virus., Cell, vol. 162, no. 4, pp. 738-50, 2015.
D. J. Park, Dudas, G. , Wohl, S. , Goba, A. , Whitmer, S. L. M. , Andersen, K. G. , Sealfon, R. S. , Ladner, J. T. , Kugelman, J. R. , Matranga, C. B. , Winnicki, S. M. , Qu, J. , Gire, S. K. , Gladden-Young, A. , Jalloh, S. , Nosamiefan, D. , Yozwiak, N. L. , Moses, L. M. , Jiang, P. - P. , Lin, A. E. , Schaffner, S. F. , Bird, B. , Towner, J. , Mamoh, M. , Gbakie, M. , Kanneh, L. , Kargbo, D. , Massally, J. L. B. , Kamara, F. K. , Konuwa, E. , Sellu, J. , Jalloh, A. A. , Mustapha, I. , Foday, M. , Yillah, M. , Erickson, B. R. , Sealy, T. , Blau, D. , Paddock, C. , Brault, A. , Amman, B. , Basile, J. , Bearden, S. , Belser, J. , Bergeron, E. , Campbell, S. , Chakrabarti, A. , Dodd, K. , Flint, M. , Gibbons, A. , Goodman, C. , Klena, J. , McMullan, L. , Morgan, L. , Russell, B. , Salzer, J. , Sanchez, A. , Wang, D. , Jungreis, I. , Tomkins-Tinch, C. , Kislyuk, A. , Lin, M. F. , Chapman, S. , MacInnis, B. , Matthews, A. , Bochicchio, J. , Hensley, L. E. , Kuhn, J. H. , Nusbaum, C. , Schieffelin, J. S. , Birren, B. W. , Forget, M. , Nichol, S. T. , Palacios, G. F. , Ndiaye, D. , Happi, C. , Gevao, S. M. , Vandi, M. A. , Kargbo, B. , Holmes, E. C. , Bedford, T. , Gnirke, A. , Ströher, U. , Rambaut, A. , Garry, R. F. , and Sabeti, P. C. , Ebola Virus Epidemiology, Transmission, and Evolution during Seven Months in Sierra Leone., Cell, vol. 161, no. 7, pp. 1516-26, 2015.
M. O Williams, Abeel, T. , Casali, N. , Cohen, K. , Pym, A. S. , Mungall, S. B. , Desjardins, C. A. , Banerjee, A. , Drobniewski, F. , Earl, A. M. , and Cooke, G. S. , Fatal nosocomial MDR TB identified through routine genetic analysis and whole-genome sequencing., Emerg Infect Dis, vol. 21, no. 6, pp. 1082-4, 2015.
C. A. Desjardins, Sanscrainte, N. D. , Goldberg, J. M. , Heiman, D. , Young, S. , Zeng, Q. , Madhani, H. D. , Becnel, J. J. , and Cuomo, C. A. , Contrasting host-pathogen interactions and genome evolution in two generalist and specialist microsporidian pathogens of mosquitoes., Nat Commun, vol. 6, p. 7121, 2015.
A. A. Shishkin, Giannoukos, G. , Kucukural, A. , Ciulla, D. , Busby, M. , Surka, C. , Chen, J. , Bhattacharyya, R. P. , Rudy, R. F. , Patel, M. M. , Novod, N. , Hung, D. T. , Gnirke, A. , Garber, M. , Guttman, M. , and Livny, J. , Simultaneous generation of many RNA-seq libraries in a single reaction., Nat Methods, vol. 12, no. 4, pp. 323-5, 2015.
M. P. Hirakawa, Martinez, D. A. , Sakthikumar, S. , Anderson, M. Z. , Berlin, A. , Gujja, S. , Zeng, Q. , Zisson, E. , Wang, J. M. , Greenberg, J. M. , Berman, J. , Bennett, R. J. , and Cuomo, C. A. , Genetic and phenotypic intra-species variation in Candida albicans., Genome Res, vol. 25, no. 3, pp. 413-25, 2015.
C. A. Cuomo, Untereiner, W. A. , Ma, L. - J. , Grabherr, M. , and Birren, B. W. , Draft Genome Sequence of the Cellulolytic Fungus Chaetomium globosum., Genome Announc, vol. 3, no. 1, 2015.
D. E. Neafsey, Waterhouse, R. M. , Abai, M. R. , Aganezov, S. S. , Alekseyev, M. A. , Allen, J. E. , Amon, J. , Arcà, B. , Arensburger, P. , Artemov, G. , Assour, L. A. , Basseri, H. , Berlin, A. , Birren, B. W. , Blandin, S. A. , Brockman, A. I. , Burkot, T. R. , Burt, A. , Chan, C. S. , Chauve, C. , Chiu, J. C. , Christensen, M. , Costantini, C. , Davidson, V. L. M. , Deligianni, E. , Dottorini, T. , Dritsou, V. , Gabriel, S. B. , Guelbeogo, W. M. , Hall, A. B. , Han, M. V. , Hlaing, T. , Hughes, D. S. T. , Jenkins, A. M. , Jiang, X. , Jungreis, I. , Kakani, E. G. , Kamali, M. , Kemppainen, P. , Kennedy, R. C. , Kirmitzoglou, I. K. , Koekemoer, L. L. , Laban, N. , Langridge, N. , Lawniczak, M. K. N. , Lirakis, M. , Lobo, N. F. , Lowy, E. , MacCallum, R. M. , Mao, C. , Maslen, G. , Mbogo, C. , McCarthy, J. , Michel, K. , Mitchell, S. N. , Moore, W. , Murphy, K. A. , Naumenko, A. N. , Nolan, T. , Novoa, E. M. , O'Loughlin, S. , Oringanje, C. , Oshaghi, M. A. , Pakpour, N. , Papathanos, P. A. , Peery, A. N. , Povelones, M. , Prakash, A. , Price, D. P. , Rajaraman, A. , Reimer, L. J. , Rinker, D. C. , Rokas, A. , Russell, T. L. , Sagnon, N. 'F. , Sharakhova, M. V. , Shea, T. , Simão, F. A. , Simard, F. , Slotman, M. A. , Somboon, P. , Stegniy, V. , Struchiner, C. J. , Thomas, G. W. C. , Tojo, M. , Topalis, P. , Tubio, J. M. C. , Unger, M. F. , Vontas, J. , Walton, C. , Wilding, C. S. , Willis, J. H. , Wu, Y. - C. , Yan, G. , Zdobnov, E. M. , Zhou, X. , Catteruccia, F. , Christophides, G. K. , Collins, F. H. , Cornman, R. S. , Crisanti, A. , Donnelly, M. J. , Emrich, S. J. , Fontaine, M. C. , Gelbart, W. , Hahn, M. W. , Hansen, I. A. , Howell, P. I. , Kafatos, F. C. , Kellis, M. , Lawson, D. , Louis, C. , Luckhart, S. , Muskavitch, M. A. T. , Ribeiro, J. M. , Riehle, M. A. , Sharakhov, I. V. , Tu, Z. , Zwiebel, L. J. , and Besansky, N. J. , Mosquito genomics. Highly evolvable malaria vectors: the genomes of 16 Anopheles mosquitoes., Science, vol. 347, no. 6217, p. 1258522, 2015.
I. S. Schwartz, Kenyon, C. , Feng, P. , Govender, N. P. , Dukik, K. , Sigler, L. , Jiang, Y. , J Stielow, B. , Muñoz, J. F. , Cuomo, C. A. , Botha, A. , Stchigel, A. M. , and G de Hoog, S. , 50 Years of Emmonsia Disease in Humans: The Dramatic Emergence of a Cluster of Novel Fungal Pathogens., PLoS Pathog, vol. 11, no. 11, p. e1005198, 2015.
J. F. Muñoz, Gallo, J. E. , Misas, E. , Priest, M. , Imamovic, A. , Young, S. , Zeng, Q. , Clay, O. K. , McEwen, J. G. , and Cuomo, C. A. , Genome update of the dimorphic human pathogenic fungi causing paracoccidioidomycosis., PLoS Negl Trop Dis, vol. 8, no. 12, p. e3348, 2014.
X. Peng, Alföldi, J. , Gori, K. , Eisfeld, A. J. , Tyler, S. R. , Tisoncik-Go, J. , Brawand, D. , G Law, L. , Skunca, N. , Hatta, M. , Gasper, D. J. , Kelly, S. M. , Chang, J. , Thomas, M. J. , Johnson, J. , Berlin, A. M. , Lara, M. , Russell, P. , Swofford, R. , Turner-Maier, J. , Young, S. , Hourlier, T. , Aken, B. , Searle, S. , Sun, X. , Yi, Y. , Suresh, M. , Tumpey, T. M. , Siepel, A. , Wisely, S. M. , Dessimoz, C. , Kawaoka, Y. , Birren, B. W. , Lindblad-Toh, K. , di Palma, F. , Engelhardt, J. F. , Palermo, R. E. , and Katze, M. G. , The draft genome sequence of the ferret (Mustela putorius furo) facilitates study of human respiratory disease., Nat Biotechnol, vol. 32, no. 12, pp. 1250-5, 2014.
M. D. Valentino, McGuire, A. Manson, Rosch, J. W. , Bispo, P. J. M. , Burnham, C. , Sanfilippo, C. M. , Carter, R. A. , Zegans, M. E. , Beall, B. , Earl, A. M. , Tuomanen, E. I. , Morris, T. W. , Haas, W. , and Gilmore, M. S. , Unencapsulated Streptococcus pneumoniae from conjunctivitis encode variant traits and belong to a distinct phylogenetic cluster., Nat Commun, vol. 5, p. 5411, 2014.
A. Manson McGuire, Cochrane, K. , Griggs, A. D. , Haas, B. J. , Abeel, T. , Zeng, Q. , Nice, J. B. , MacDonald, H. , Birren, B. W. , Berger, B. W. , Allen-Vercoe, E. , and Earl, A. M. , Evolution of invasion in a diverse set of Fusobacterium species., MBio, vol. 5, no. 6, p. e01864, 2014.
M. Touchon, Cury, J. , Yoon, E. - J. , Krizova, L. , Cerqueira, G. C. , Murphy, C. , Feldgarden, M. , Wortman, J. , Clermont, D. , Lambert, T. , Grillot-Courvalin, C. , Nemec, A. , Courvalin, P. , and Rocha, E. P. C. , The genomic diversification of the whole Acinetobacter genus: origins, mechanisms, and consequences., Genome Biol Evol, vol. 6, no. 10, pp. 2866-82, 2014.
S. K. Gire, Goba, A. , Andersen, K. G. , Sealfon, R. S. G. , Park, D. J. , Kanneh, L. , Jalloh, S. , Momoh, M. , Fullah, M. , Dudas, G. , Wohl, S. , Moses, L. M. , Yozwiak, N. L. , Winnicki, S. , Matranga, C. B. , Malboeuf, C. M. , Qu, J. , Gladden, A. D. , Schaffner, S. F. , Yang, X. , Jiang, P. - P. , Nekoui, M. , Colubri, A. , Coomber, M. Ruth, Fonnie, M. , Moigboi, A. , Gbakie, M. , Kamara, F. K. , Tucker, V. , Konuwa, E. , Saffa, S. , Sellu, J. , Jalloh, A. Azziz, Kovoma, A. , Koninga, J. , Mustapha, I. , Kargbo, K. , Foday, M. , Yillah, M. , Kanneh, F. , Robert, W. , Massally, J. L. B. , Chapman, S. B. , Bochicchio, J. , Murphy, C. , Nusbaum, C. , Young, S. , Birren, B. W. , Grant, D. S. , Scheiffelin, J. S. , Lander, E. S. , Happi, C. , Gevao, S. M. , Gnirke, A. , Rambaut, A. , Garry, R. F. , S Khan, H. , and Sabeti, P. C. , Genomic surveillance elucidates Ebola virus origin and transmission during the 2014 outbreak., Science, vol. 345, no. 6202, pp. 1369-72, 2014.
P. Cimermancic, Medema, M. H. , Claesen, J. , Kurita, K. , Brown, L. C. Wieland, Mavrommatis, K. , Pati, A. , Godfrey, P. A. , Koehrsen, M. , Clardy, J. , Birren, B. W. , Takano, E. , Sali, A. , Linington, R. G. , and Fischbach, M. A. , Insights into secondary metabolism from a global analysis of prokaryotic biosynthetic gene clusters., Cell, vol. 158, no. 2, pp. 412-21, 2014.
M. J. Coyne, Zitomersky, N. Levy, McGuire, A. Manson, Earl, A. M. , and Comstock, L. E. , Evidence of extensive DNA transfer between bacteroidales species within the human gut., MBio, vol. 5, no. 3, pp. e01305-14, 2014.
E. A. Franzosa, Morgan, X. C. , Segata, N. , Waldron, L. , Reyes, J. , Earl, A. M. , Giannoukos, G. , Boylan, M. R. , Ciulla, D. , Gevers, D. , Izard, J. , Garrett, W. S. , Chan, A. T. , and Huttenhower, C. , Relating the metatranscriptome and metagenome of the human gut., Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 111, no. 22, pp. E2329-38, 2014.
M. A. Bakowski, Desjardins, C. A. , Smelkinson, M. G. , Dunbar, T. L. , Dunbar, T. A. , Lopez-Moyado, I. F. , Rifkin, S. A. , Cuomo, C. A. , and Troemel, E. R. , Ubiquitin-mediated response to microsporidia and virus infection in C. elegans., PLoS Pathog, vol. 10, no. 6, p. e1004200, 2014.
C. A. Cuomo, Del Valle, N. Rodriguez-, Perez-Sanchez, L. , Abouelleil, A. , Goldberg, J. , Young, S. , Zeng, Q. , and Birren, B. W. , Genome Sequence of the Pathogenic Fungus Sporothrix schenckii (ATCC 58251)., Genome Announc, vol. 2, no. 3, 2014.
V. G. Dugan, Emrich, S. J. , Giraldo-Calderón, G. I. , Harb, O. S. , Newman, R. M. , Pickett, B. E. , Schriml, L. M. , Stockwell, T. B. , Stoeckert, C. J. , Sullivan, D. E. , Singh, I. , Ward, D. V. , Yao, A. , Zheng, J. , Barrett, T. , Birren, B. , Brinkac, L. , Bruno, V. M. , Caler, E. , Chapman, S. , Collins, F. H. , Cuomo, C. A. , Di Francesco, V. , Durkin, S. , Eppinger, M. , Feldgarden, M. , Fraser, C. , W Fricke, F. , Giovanni, M. , Henn, M. R. , Hine, E. , Hotopp, J. Dunning, Karsch-Mizrachi, I. , Kissinger, J. C. , Lee, E. Mi, Mathur, P. , Mongodin, E. F. , Murphy, C. I. , Myers, G. , Neafsey, D. E. , Nelson, K. E. , Nierman, W. C. , Puzak, J. , Rasko, D. , Roos, D. S. , Sadzewicz, L. , Silva, J. C. , Sobral, B. , R Squires, B. , Stevens, R. L. , Tallon, L. , Tettelin, H. , Wentworth, D. , White, O. , Will, R. , Wortman, J. , Zhang, Y. , and Scheuermann, R. H. , Standardized metadata for human pathogen/vector genomic sequences., PLoS One, vol. 9, no. 6, p. e99979, 2014.
B. J. Walker, Abeel, T. , Shea, T. , Priest, M. , Abouelliel, A. , Sakthikumar, S. , Cuomo, C. A. , Zeng, Q. , Wortman, J. , Young, S. K. , and Earl, A. M. , Pilon: an integrated tool for comprehensive microbial variant detection and genome assembly improvement., PLoS One, vol. 9, no. 11, p. e112963, 2014.