# All predicted candidate miRNA sequences in four-way alignment (human/mouse/rat/dog) # header line: id chr start end strand score match_to_known_miRNA_if_found # predicted mature sequences are highlighted in UPPER case # predicted structures are based in RNAfold program, with folding energy following each computationally predicted structures # >PREDICTED_MIR1 chr17 6861657 6861767 - 19.191 hsa-mir-195 tggagtctttgttgcccacacccagcttccctggctcTAGCAGCACAGAAATATTGGCAcagggaagcgagtctgccaatattggctgtgctgctccaggcagggtggtga tagagtctttgttgcccacacccaactctcctggctcTAGCAGCACAGAAATATTGGCAtggggaagtgagtctgccaatattggctgtgctgctccaggcagggtggtga tagagtctttgttgcccacacccaactctcctggctcTAGCAGCACAGAAATATTGGCAcgggtaagtgagtctgccaatattggctgtgctgctccaggcagggtggtga tagagtctttgttgcccacacccagctcccctggctcTAGCAGCACAGAAATATTGGCActgggaagagagtctgccaatattggctgtgctgctctaggcagggtggtga * ********************** ** ****************************** ** *** **************************** ************** ..................((((......(((((.((..((((((((((.((((((((((..............))))))))))..))))))))))..)).))))).)))). -47.64 ..................((((..((((((((((....((((((((((.((((((((((.((.........))))))))))))..))))))))))))))).))))))))). -49.40 ..................((((..((((((((((....((((((((((.((((((((((.((.(.....).))))))))))))..))))))))))))))).))))))))). -50.90 ........................((..(((((.((..((((((((((.((((((((((((........)))..)))))))))..))))))))))..)).)))))..)).. -48.00 # aligned and folded structure * ********************** ** ********************.********** ** *** * tggagtctttgttgcccacacccagcttccctggctcTAGCAGCACAGA.AATATTGGCAcagggaagcg tagagtctttgttgcccacacccaactctcctggctcTAGCAGCACAGA.AATATTGGCAtggggaagtg tagagtctttgttgcccacacccaactctcctggctcTAGCAGCACAGA.AATATTGGCAcgggtaagtg tagagtctttgttgcccacacccagctcccctggctcTAGCAGCACAGA.AATATTGGCActgggaagag | |||| | ||||| || |||||||||| |||||||||| || | 4 4444 4 44444 44 4444444444 4444444444 24 1 | |||| | ||||| || |||||||||| |||||||||| || | a.................gtgg..t...gggacggatctcgtcgtgtcggttataaccgt.ctga..... a.................gtgg..t...gggacggacctcgtcgtgtcggttataaccgt.ctga..... a.................gtgg..t...gggacggacctcgtcgtgtcggttataaccgt.ctga..... a.................gtgg..t...gggacggacctcgtcgtgtcggttataaccgt.ctga..... *.................****..*...******** ***********************.****..... >PREDICTED_MIR2 chr17 53763580 53763690 - 18.812 hsa-mir-142 gacggacagacagacagtgcagtcacccataaagtagaaagcactactaacagcactggagggTGTAGTGTTTCCTACTTTATGGatgagtgtactgtgggcttcggagat gacagacagacag----tgcagtcacccataaagtagaaagcactactaacagcactggagggTGTAGTGTTTCCTACTTTATGGatgagtgcactgtgggcttcggagac gacagacagacagacagtgcagtcacccataaagtagaaagcactactaacagcactggagggTGTAGTGTTTCCTACTTTATGGatgagtgtactgtgggcttcggagat gacggacagacagacagtgcagtcacccataaagtagaaagcactactaacagcactggagggTGTAGTGTTTCCTACTTTATGGatgagtgtactgtgggcttcggagac *** ********* *************************************************************************** ***************** ..(.((.((.(..((((((((.(((.(((((((((((.(((((((((...(..(....)..)..))))))))).))))))))))).))).))))))))..))))).).... -47.90 ((.((.(..((((----((((.(((.(((((((((((.(((((((((...(..(....)..)..))))))))).))))))))))).))).))))))))..)))))...... -48.60 ....((.((.(..((((((((.(((.(((((((((((.(((((((((...(..(....)..)..))))))))).))))))))))).))).))))))))..)))))...... -46.80 ..(.((.((.(..((((((((.(((.(((((((((((.(((((((((...(..(....)..)..))))))))).))))))))))).))).))))))))..))))).).... -47.90 # 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aligned and folded structure * **** **** ** ***********************... ******* tgccttgggcgggcggctGTTAAGACTTGCAGTGATGTTTa...actcctct tgtcttgggtgggcagctGTTAAGACTTGCAGTGATGTTTa...gctcctct tgtcttgggtgggcagctGTTAAGACTTGCAGTGATGTTTa...gctcctct caccctgggcgggcggccGTTAAGACTTGCAGTGATGTTTa...actcctct ||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||| || 432 44444442444 44 44444444 4444444444 21 ||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||| || gcacc.cctgcccttcgtcgtgtctgaacgacactacaagtgcacc...... gtacc.cccgtccgtcgtcgtgtctgaacgacactacaagtgtacc...... gtacc.cccgtccgtcgtcgtgtctgaacgacactacaagtgtacg...... gcatc.cctgcccttcgtcgtgtctgaacgacactacaagtgcacc...... * * *.** * ** **************************** ** ...... >PREDICTED_MIR13 chr12 6943102 6943206 + 16.988 hsa-mir-200c ggtgggcgggctgggcgggggccctcgtcttacccagcagtgtttgggtgc-ggttgggagtcTCTAATACTGCCGGGTAATGATggaggcccctgtccctgtgtc ggtggactggttgggtaggggccctcgtcttacccagcagtgtttgggtgctggttgggagtcTCTAATACTGCCGGGTAATGATggaggcccctgtcccagtgtc ggtggactggttgggtaggggccctcgtcttacccagcagtgtttgggtgctggttgggagtcTCTAATACTGCCGGGTAATGATggaggcccctgcccctgtgtc cgtgggcaggctgggtgggggcccccgtcttacccagcagtgtttgggtgctggttgggagtcTCTAATACTGCCGGGTAATGATggaggcccctgcccctgtgtc **** * ** **** ******* ************************** ******************************************** *** ***** .....(((((...((((((((((..((((((((((.((((((((.(((.((-........))))).)))))))).)))))).))))..)))))))))))))))... -58.80 ....(((...(((((((((((((..((((((((((.((((((((.(((.(((.......)))))).)))))))).)))))).))))..)))))))).))))).))) -57.90 ....(((.....(((((((((((..((((((((((.((((((((.(((.(((.......)))))).)))))))).)))))).))))..)))))))))))....))) -59.50 .....(((((...((..((((((.(((((((((((.((((((((.(((.(((.......)))))).)))))))).)))))).))))).))))))..)))))))... -61.50 # 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aligned and folded structure **** *** * ** ****** ****************.**************** ** ccagtgt-------------tcatgtgtggtacttggagagaggctggccgtg.atgaattcgattcatcaaag ccagtgttcttcgccagtgatcatgtgtgatacttggagagaggctggccgtg.atgaattcgattcatctaaa ccagtga-------------tcatgtgtgatacttggagagaggctggccgtg.atgaattcgattcatctaaa ccagcct-------------tcacttatggtacttgaagagaggctggccgtg.atgaattcgattcatcaaag || || || ||||||| ||||||||| ||||||| |||| |||| 44 33 34 4444444 444444444 4444444 4444 4444 || || || ||||||| ||||||||| ||||||| |||| |||| ..tc.cgtct..............taaactgtgattttCTCTCCTCTCGGCACATACT.GAgc........... ..tc.catct..............caaactgtgatcttCTCTCCTCTCGGCACATACT.GAgc........... ..tc.cgtct..............caaactgtgatcttCTCTCCTCTCGGCACATACT.GAgc........... ..tc.cgtct..............taaactgtgattttCTCTCCTCTCGGCACATACT.GAgc........... ..**.* ***.............. ********** **********************.****........... >PREDICTED_MIR24 chr1 98223649 98223753 - 15.668 hsa-mir-137 agcttggtcctctgactctcttcggtgacgggtattcttgggtggataatacggattacgttGTTATTGCTTAAGAATACGCGTagtcgaggagagtaccagcgg agcttggccctctgactctcttcggtgacgggtattcttgggtggataatacggattacgttGTTATTGCTTAAGAATACGCGTagtcgaggagagtaccagcgg agcttggccctctgactctcttcggtgacgggtattcttgggtggataatacggattacgttGTTATTGCTTAAGAATACGCGTagtcgaggagagtaccagcgg agcttggtcctctgactctcttcggtgacgggtattcttgggtggataatacggattacgttGTTATTGCTTAAGAATACGCGTagtcgaggagagtaccagcgg ******* ************************************************************************************************* .(((.(((......(((((((((((..(((.(((((((((((((.((((((((.....)).))))))))))))))))))).)))..))))))))))))))))).. -48.70 ........((.((((((((((((((..(((.(((((((((((((.((((((((.....)).))))))))))))))))))).)))..)))))))))))..))).)) -47.40 ........((.((((((((((((((..(((.(((((((((((((.((((((((.....)).))))))))))))))))))).)))..)))))))))))..))).)) -47.40 .(((.(((......(((((((((((..(((.(((((((((((((.((((((((.....)).))))))))))))))))))).)))..))))))))))))))))).. -48.70 # 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